استنكر حافظ أبو سعدة، رئيس المنظمة المصرية لحقوق الإنسان التحقيق الذي جرى مع الدكتور يوسف زيدان في سراي نيابة أمن الدولة العليا في القضية رقم 686 لسنة 2010 أمن دولة عليا بسبب كتابه ''اللاهوت العربي''، والتي أمهلته شهرا للرد على الاتهامات الموجهة إليه، مؤكدا أن مثل هذه القضية تمثل قضية حسبة جديدة ضد حرية الرأي و التعبير. وشدد أبو سعدة على أن حرية الرأي والتعبير هو مبدأ أقرته الاتفاقيات والمواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان، ولكن القوانين الحالية لا تهدف إلا للسيطرة على أجهزة الإعلام والنشر والحياة الفكرية بما يؤدي إلى سيادة الرأي الواحد ومصادرة الأفكار والآراء المختلفة، حيث يصادر خلالها أي فكر بحجة ازدراء الأديان، وبالتالي يجب التخلص من تلك القوانين التي تجعل من أولئك المسئولين يتحكمون في الفكر الديني بما يخالف حرية الرأي والتعبير دون مبررات.
وأضاف أبو سعده أن مثل هذه القضايا لا يجب حلها أمام ساحات المحاكم وإنما بالحوار والجدل الموضوعي، داعيا كافة مؤسسات المجتمع، أن تتضافر جهودها في إدانة واستنكار محاولات البعض فرض وصايتهم الدينية والتصورات المعتقدية على المجتمع، والتأكيد على موقفها إزاء ضرورة كفالة حق كل فرد في التعبير عن آرائه وأفكاره بحرية واحترام حرية العقيدة لكل مواطن في المجتمع.
وتعود وقائع القضية إلى منتصف عام 2010 حينما صدر كتاب ''اللاهوت العربي'' للكاتب يوسف زيدان، ورفضه مجمع البحوث الإسلامية وقدم مذكرة إلى نيابة أمن الدولة العليا باتهام زيدان بازدراء الأديان، ولكن لم يتم تحريك القضية منذ هذا التاريخ حتى الآن.