في سنة 50 هجرية دخل الاسلام الي واحة الداخلة عبر القبائل العربية التي وفدت اليها وبعدها بفترة وصل الي الخارجة بعد زواج رجل من قبيلة بني ركاب من احدي فتياتها ومنذ ذلك الوقت ازدهرت العمارة الاسلامية لتترك في الواحات نماذج فريدة من المآذن التي تشق طريقها نحو السماء في شموخ. ويوضح الباحث محمود عبدربه المختص في التراث الثقافي لواحات الوادي الجديد ان المآذن الأيوبية تعتبر من أهم المعالم الاثرية بالمحافظة وقد بدأ بناؤها في قرية القصر الاسلامية بمدينة موط ثم انتشرت في قري الراشدة وبلاط وبعض القري الاخري في الواحات الداخلة الي ان انتقلت عمارة تلك المآذن الي الواحات الخارجة ومنها تلك الخاصة بمسجد المحيبس بالبلد القديمة وترسم تلك المآذن لوحات فنية فريدة من نوعها تبدو وكأنها عرائس في الرمال. من اشهر مساجد الداخلة جامع الشيخ نصر الدين بقرية القصر الاسلامية ويعد من اقدم المساجد الباقية علي حالتها في مصر اضافة الي المباني القديمة بمدينة القصر وقد شيدت من الطوب اللبن منذ العصر الايوبي فضلا عن وجود مئذنة خشبية من ثلاث طوابق بارتفاع 21 مترا ما زالت شاهده علي القصر الايوبي بالقرية ذاتها. بالاضافة الي وجود اعتاب والخاصة بابواب المنازل مصنوعة من الخشب ومنقوش عليها آيات قرآنية وهو ما يميز قريتي بلاط والقصر. أما في الواحات الخارجة فيعتبر مسجد المحيبس القلبي عيد الدار من اول واقدم المساجد التي بنيت منذ دخول الاسلام الي الخارجة ويعد مسجد المحيبس اثرا تاريخيا هاما حيث ما زالت مئذنته التي شيدت في العصر الايوبي قائمة حتي اليوم بارتفاع ثلاثة طوابق وهي مبنية من الطوب اللبن وخشب (الدوم) وهو من الاشجار شديدة الصلابة والمنتشرة في الخارجة وقد تم تطوير المسجد واعادة بنائه في مايو 2001 لكن المئذنة بقيت شاهدة علي ذلك التاريخ. وقد دخل الاسلام الي الواحات الخارجة بعد الداخلة عندما انتقل رجل من (بني ركاب) ليستقر في الخارجة ويعيش فيها وقد تزوج من اهلها الذين دخلوا جميعا في الاسلام ثم صار لبني ركاب (عائلة الركابية) الحكم والمشيخة لمدة الف عام تقريبا بعدها اصبحت العمودية لهم حتي انتهي عهدها في اوائل الستينيات بعد وصول قوافل تعمير الصحاري الي الوادي الجديد.