أرسل الأنبا باخوميوس قائم مقام البابا بمذكرة قانونية إلي محكمة القضاء الإداري طالب فيها بإصدار أحكام قضائية برفض جميع الدعاوي القضائية المقامة ضد تعيينه والمطالبة بإلغاء انتخابات البابا وإلغاء جميع القرارات التي أصدرها. وقال الأنبا باخوميوس بأن منصب البابا هو منصب ديني ووظيفته هي رئاسة الكهنوت والقائم مقام البطريرك يحل محل البابا في جميع اختصاصاته وجميعها أعمال دينية بحتة لا تخضع لرقابة المحاكم القضائية. طالب الأنبا باخوميوس من محكمة القضاء الإداري بعدم قبول الدعاوي القضائية لاقامتها بعد الميعاد القانوني وهو خلال 60 يوما من تعيينه فقد تم تعيينه بقرار من المشير حسين طنطاوي رئيس المجلس العسكري السابق في 25 مارس هذا العام 2012 والقضايا المقامة ضده كانت بعد مرور 60 يوما من قرار تعيينه.