وجه المفكر الإسلامى الدكتور محمد سليم العوا دعوة إلى المسلمين للدفاع عن الكنائس ضد تهديدات القاعدة مؤكدا "أن من واجب المسلمين حماية أقباط مصر قائلا" فنحن أبناء وطن واحد، والقاعدة إن كانت مشغولة بتلك المواضيع فإنها تكون قد بلغت من التفاهة أن تهدد الكنيسة". وقال المفكر الإسلامى فى محاضرة ألقاها خلال الموسم الثانى عشر لجمعية مصر للثقافة والحوار بعنوان "الفتح الإسلامى لمصر" بمسجد رابعة العدوية مساء أمس، إن تهديدات القاعدة الأخيرة للكنائس المصرية "كلام مفبرك و ليس له أساس من الصحة". وأضاف العوا أن تزوير الانتخابات "جريمة" وإذا أمر به موظف فلا يجوز أن ينفذه، متمنيا نزاهة الانتخابات القادمة، وأن تكون مثلما كانت فى عهد ممدوح سالم، كما أكد العوا جواز تولى القبطى الحكم فى مصر حيث إن دستور مصر ليس به ما يمنع أن يتولى مسيحى الحكم. وحول اعتزام أحد المحامين رفع دعوى قضائية بسبب تصريحاته الأخيرة حول رجال الكنيسة قال إذا رفع الدعوى فإنى قادر على الدفاع عن نفسى وأثق فى القضاء المصرى، مشيرا إلى أنه لن يتخلى عن الدفاع عن الدين الإسلامى. ووصف العوا تصريحات الأنبا بيشوى ب"السخيفة" قائلا إن الذين فتحوا مصر كانوا 12 ألفا وليسوا 4 آلاف وهذا موجود فى مصادر مسيحية. وفى سياق متصل كشفت الجماعة الإسلامية عبر موقعها أن أبناءها على وعى شرعى وسياسى بأبعاد هذه التهديدات، داعين باقى الشباب المتحمس أن يكونوا على ذات الدرجة من الفهم الشرعى والوعى السياسى كى يكونوا محصنين ضد الانجراف وراء هذه التهديدات، ولا يتبنوا منهج مواجهة الخطأ بالخطيئة. ووصف عصام دربالة، عضو مجلس شورى الجماعة الإسلامية، فى مقال لها عبر موقع الجماعة بعنوان "تنظيمات القاعدة ومواجهة الخطيئة بالخطأ" أن هذه السلوكيات من بعض تنظيمات القاعدة تندرج تحت باب معالجة الخطيئة بالخطأ، معتبرا أن القاعدة لم تعد تنظيماً واحداً مسيطراً عليه من قبل قيادته التاريخية ممثلة فى أسامة بن لادن وأيمن الظواهرى، لكنها صارت حالة فكرية انتشرت فى أغلب بقاع العالم تحمل ذات الرؤية الفكرية للتنظيم الأم، وتلجأ إلى ذات أدواته، وغالباً ما يتم ذلك بمعزل عن قيادته التاريخية. وأوضح أن الاحتلال الأمريكى خطيئة وما يحدث فى السجون العراقية تجاه الأسرى وما كشفت عنه وثائق "ويكليكس" خطأ أفدح، مضيفا أن تطرف بعض رجال الكهنوت فى الكنيسة الأرثوذكسية وتجاوزهم الخطوط الحمراء واحتجازهم من اعتنقن الإسلام بالأديرة أمر مستفز، إلا أنه اعتبر الرد على هذه الأخطاء بطريقة القاعدة "خطيئة". ومن جهة أخرى تعهد الرئيس المصري حسني مبارك، بحماية الأقلية المسيحية في مصر، بعد تهديد تنظيم القاعدة باستهداف الأقباط. ونقلت وكالة أنباء الشرق الأوسط الرسمية عن مبارك قوله، في مكالمة مع بطريرك الأقباط المصريين الأنبا شنودة الثالث، أنه يرفض الزج باسم مصر في العمل الإرهابي الذي استهدف إحدى الكنائس في بغداد، وإدانته لأية مخططات إرهابية تستهدف أقباط مصر. وأضافت الوكالة أن مبارك أكد "حرصه البالغ على حماية أبناء الشعب بمسلميه وأقباطه من قوى الإرهاب والتطرف".