أدانت الجماعة الإسلامية بشدة الاعتداء السافر على السيادة المصرية ومؤكدة أنه في حال تأكدت الأنباء التي تواردت بشأن انتهاك طائرات إسرائيلية للسيادة المصرية واستهداف مصريين مهما كانت توجهاتهم هو دليل جديد على أن انغماس الجيش في الشأن السياسي يفتح الباب واسعا لتهديد الأمن القومي، ويمهد الطريق لنكسة جديدة كنكسة 1967. وقالت الجماعة إذا تأكدت هذه الأنباء فإن قادة الانقلاب يكونوا بذلك قد أعادوا مصر "كنزا إستراتيجيا لإسرائيل" كما كانت في عهد الرئيس المخلوع مبارك. أكدت الجماعة الإسلامية أنه ينبغي على جميع المصريين عدم السكوت عن توضيح حقيقة الأمر، ورفض الاستسلام للاعتداءات المتكررة على السيادة المصرية.