شهدت لجنة التعليم والبحث العلمي بمجلس الشورى، نقاشات ساخنة بين النواب حول استمرارية استقلال هيئة اعتماد جودة التعليم أو تبعيتها للمجلس الوطني للتعليم، حيث طالب عدد من النواب بضرورة أن يكون المجلس الوطني هو المهيمن على جميع قطاعات التعليم والبحث العلمى فى مصر؛ لمواجهة الجزر المنعزلة التي أسسها النظام السابق، والتي كانت سببا في تدنى التعليم في مصر وخروجنا من سوق العمل، في حين طالب الفريق الآخر من النواب استمرار استقلالية الهيئة. ومن جانبه شدد الدكتور مجدي قاسم رئيس هيئة اعتماد وضمان جودة التعليم، على ضرورة توخي الحذر عند مناقشة هذا الأمر، وضرورة أن يحافظ المجلس على استقلاليتها المنصوص عليها بالقانون. وأكد قاسم أمام اللجنة خلال اجتماعها، اليوم، برئاسة الدكتور محمد خشبة، أنه يجب أن نراعي إمكانية حدوث أزمة دولية فى حالة ضم الهيئة للمجلس وسحب استقلالها، وإمكانية تأثير ذلك على ترتيب مصر العلمي على مستوى العالم، وأوضح أن الهيئة معنية بالتحكيم ووضع المعايير وأنه لا يجب أن تكون الهيئة تابعة للمجلس الوطني. واقترح قاسم بأن يكون هناك دعم ومساندة الهيئة، وذلك بجعل المجلس الوطني يكون مسئولا عن وضع السياسات والمعايير العامة على أن تقوم الهيئة برفع تقاريرها إلى المجلس الوطني للتعليم بدلا من رفعها إلى رئيس الجمهورية ورئيس مجلس الوزراء ومجلس النواب.