في غفلة من علماء الدين ومؤسسات الدولة والمجتمع المصري، تسببت سياسات الانقلاب العسكري القمعية ضد الشباب والتيار الإسلامي الذي يغلب على عموم المجتمع المصري، في تزايد حالات الإلحاد داخل المجتمع، والذي على ما يبدو أحد أهداف الثورة الدينية التي يرفع لواءها عبدالفتاح السيسي. حيث أكدت دراسة حديثة أجراها الأزهر على 6 آلاف شاب، ووجد أن نسبة الملحدين بينهم بلغت 12.3%، بسبب تقصير المؤسسات الدسنسة وأن هناك 56 سببًا لإلحاد الشباب المصري. ومن أبرز الأسباب الخطاب الديني الذي يُبغض الشباب في الإسلام، وإلى تنازع المذاهب، فضلاً عن غياب القدوة. أحمد حرقان، أحد الشباب الملحدين، أكد أن الإلحاد أخذ في الانتشار بشكل كبير في مصر، وأن سبب انتشار تلك الظاهرة هو مواقع التواصل الاجتماعي، لا سيما "فيس بوك"، الذي ساعد على التقارب بين الأفكار وتعريف الناس بعضهم على بعض. ولفت حرقان إلى أن أعداد الملحدين في مصر متضاربة، إلا أن أقرب تلك الأعداد للواقع هو 12.3% من عدد الشباب المصري. وحسب مراقبين، فإن جريمة الإلحاد بدأت تتفشى إلى حد ما في مصر، بسبب تراجع الأعمال الدعوية الدينية، بجانب وسائل الاتصالات الحديثة أتاحت التواصل مع ملاحدة كونوا مواقع لبث السموم.. وهو ما تتجاهله أجهزة الدولة وتطارد الشباب المتدين بدعاوى الإرهاب. علاوة على ذلك، لا يوجد في المؤسسات الدينية الإسلامية أي أمانة أو مركز أو لجنة لمواجهة الإلحاد. ويُطلق الإلحاد في الوقت المعاصر على كل مذهب يؤدي في النهاية إلى إنكار الدين. ونعني بالإلحاد: الكفر بالله والميل عن طريق أهل الإيمان والرشد، وظهور التكذيب بالبعث والجنة والنار وتكريس الحياة كلها للدنيا فقط. مفاهيم الإلحاد وبحسب الداعية حامد العطار، يقوم الإلحاد على المفاهيم التالية: 1- نشأ الكون تلقائياً نتيجة لأحداث عشوائية دون الحاجة إلى صانع. 2- ظهرت ائحياة ذاتياً من المادة، عن طريق قوانين الطبيعة. 3- الفرق بين الحياة والموت فرق فيزيائي بحت، سيتوصل إليه العلم يوماً ما. 4- الإنسان ليس سوى جسد مادي، يفنى تماماً بالموت. 5- ليس هناك وجود لمفهوم الروح. 6- ليس هناك حياة أخرى بعد الموت. 7- ليس هناك حاجة إلى القول بوجود إله! رعاة الالحاد وثمة مؤسسات عالمية ترعى الإلحاد وترعى الملحدين، منها مثلاً «التحالف الدولي للملاحدة» ATHEIST ALLIANCE INTERNATIONAL، "رابطة الملاحدة"، "مؤسسة ريتشارد دوكنز لدعم العقل والعلم"، "الرابطة الدولية لغير المتدينين والملحدين". وبعض هذه المؤسسات تعطي مساعدات مالية كبيرة للمنتظم فيها حسب فاعليته (بتقسيم: مساعد وثني، مستثمر، كافر، مرتد، متحمس، ممول، متحرر، داعم، عقلاني) تصل إلى 350 دولارًا شهريًا، وهو مبلغ جيد في بعض الدول الفقيرة. وبمراجعة الواقع الديني في مصر يتوقع زيادة أعداد الملحدين في مصر، في ظل التخويف من التدين والمتدينين ورفع شعار الإرهاب أمام كل متدين.
