كشف الإعلامي محمد ناصر، عن أن عبدالفتاح السيسي قائد الانقلاب العسكري، أطاح ب94 من ضباط وعناصر المخابرات العامة منذ الانقلاب العسكري على الرئيس محمد مرسي في 3 يوليو 2013. وقال ناصر -خلال برنامج مصر النهاردة على قناة مكملين، مساء الأحد-: إن السيسي في 2 يوليو 2013 أطاح برئيس جهاز المخابرات العامة اللواء محمد رأفت شحاتة، الذي عينه الرئيس محمد مرسي، وفي 2 ديسمبر 2013 أحال 10 ضباط للتقاعد، وفي 2 يوليو 2014 صادق السيسي على إحالة 14 وكيلا بالمخابرات العامة للمعاش. وأضاف ناصر أن السيسي في 5 فبراير 2015 نقل ثلاثة من موظفي المخابرات العامة للعمل ببعض الوزارات المدنية، وفي 18 يونيو 2015 أحل السيسي 11 من ضباط الجهاز للتقاعد بناء على رغبتهم ولظروف صحية، وفي 26 يوليو 2015 أحل السيسي 19 من مسئولي الجهاز للتقاعد وتم نقلهم للعمل بالوزارات المختلفة.