تقدم جورج فيليب، قبطي مقيم في فرنسا، بدعوى قضائية أمام مجلس الدولة، طالب فيها بإلغاء قرار رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة، الذي يحمل رقم 182 لسنة 2012م، والذي ينص على تعيين الأنبا باخوميوس، القائم مقام بطريريك الأقباط الأرثوذكس، وإلغاء كافه القرارات التى أصدرها، ومنها تشكيل لجان الترشيح لمنصب البابا، ولجان قيد الناخبين ولجان الطعن فى القرارات الصادرة من هذه اللجنة، مع إيقاف العملية الانتخابية بأكملها. جاءت الدعوى التي حملت رقم 57563 ضد كل من رئيس الجمهورية ووزير الداخلية بصفتهما ونيافة الأنبا باخوميوس، واستندت إلى أن قرار تعيين باخوميوس مخالف للدستور، حيث إن رئيس الجمهورية وحده، هو من له الحق فى تعيين من يقوم مقام البابا. وأشارت الدعوى إلى أن لائحة ترشيح انتخاب بطريرك الأقباط الأرثوذكس المعتمدة بقرار من رئيس الجمهورية بتاريخ 2/11/1957 قد أناطت برئيس الجمهورية إصدار قرار جمهوري بتعين القائم مقام البطريك، ليتولى إدارة شئون الكنيسة، ومن ثم، فإنه يتعين أن يصدر هذا القرار من المجلس الأعلى للقوات المسلحة بكامل تشكيله أو يفوض المجلس في إصداره، لكن الثابت في القرار 182 لسنة 2012 الذي صدر من رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة دون أن يصدر تفويضا له من المجلس في إصدار هذا القرار، ومن ثم فإن المشير حسين طنطاوي قد اغتصب اختصاصات المجلس الأعلى للقوات المسلحة. وأضافت الدعوى أن القانون ينص على أن تشكيل اللجنة المختصة باختيار القائم مقام البطريك من المجمع المقدس وأعضاء لجنة إدارة الأوقاف الخيرية لبطريركية الأقباط الأرثوذكس، لكن الثابت أن اللجنة التي شاركت في اختيار القائم مقام البابا لم يشارك فيها أعضاء لجنة إدارة الأوقاف الخيرية البطريركية الأقباط الأرثوذكس، وبذلك يكون مخالفا للقانون.