أقام "جورج فيلب حليم" المقيم بفرنسا دعوى قضائيه أمام دائره الأفراد بمحكمه القضاء الادارى بمجلس الدولة، يطالب بإلغاء قرار رئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحة السابق بتعيين الانبا باخوميوس قائمقام البطريك الأقباط الأرثوذكس. جاءت الدعوى التي حملت رقم 57563 ضد كل من رئيس الجمهورية ووزير الداخلية بصفتهما ونيافة الأنبا باخوميوس . أشارت الدعوى, الى أن لائحة ترشيح انتخاب بطريك الأقباط الاثوذكس المعتمدة بقرار من رئيس الجمهورية بتاريخ 2/11/1957 قد أناطت برئيس الجمهورية إصدار قرار جمهوري بتعيين القائم مقام البطريك ليتولي ادارة شئون البلاد ,ومن ثم فإنه يتعين لأن يصدر هذا القرار من المجلس الأعلي للقوات المسلحة بكامل تشكيله أو يفوض المجلس في إصداره ، لكن الثابت في القرار 82 لسنة الذ صدر من رئيس المجلس الأعلي للقوات المسلحة دون أن يصدر تفويضاً له من المجلس في إصدار هذا القرار ومن ثم فإن المشير حسين طنطاوي قد اغتصب اختصاصات المجلس الأعلي للقوات المسلحة.
وأضافت الدعوى أن القانون ينص علي أن تشكيل اللجنة المختصة باختيار قائم مقام البطريك من المجمع المقدس وأعضاء لجنة إدارة الأوقاف الخيرية لبطريركية الأقباط الأرثوذكس ، لكن الثابت أن اللجنة الي شاركت في اختيار القائم مقام البابا ولم يشارك فيها أعضاء لجنة أدارة الأوقاف الخيرية لبطريركية الأقباط الأرثوذكس وبذلك يكون مخالف للقانون.