لم يكن الانقلاب على الرئيس محمد مرسي المنتخب المدني هو هدف السيسي، ولم تكن حرب السيسي على الإخوان هي مجرد تصفية حسابات سياسية وصراع علي السلطة، وإنما كشف السيسي عن وجهه الحقيقي بالحرب على التيار الإسلامي. شهداء الأزهر في البداية قاد السيسي انقلابًا عسكريًّا على الرئيس محمد مرسي المنتخب، وزج معه في السجون العديد من علماء الدين وقيادات العمل الإسلامي، وارتقى 33 عالمًا شهيدًا في رابعة، و13 في الحرس الجمهوري، و6 في المنصة، وتجاوز عدد المعتقلين أكثر 5700 من رجال الأزهر غلق عدد من المساجد قالت صحيفة "ذا إيكونوميست" البريطانية: إن محاولة السيسي للسيطرة على المجال الديني في البلاد تجاوزت أي رئيس سابق"، ولفتت إلى أنه" قبل شهرين فوجئ المصلون بمسجد الرحمن الصغير الكائن بمنطقة عين شمس شرق القاهرة بإغلاقه حتى وقت صلاة يوم الجمعة، وقيل لهم من الآن فصاعدا عليكم التوجه إلى أحد المساجد الرئيسية في المدينة لأداء الصلاة. المولد النبوي تجرأ قائد الانقلاب على ثوابت الإسلام، في ذكرى الاحتفال بالمولد النبوي، وقال: لا يمكن أن يكون هذا الفكر الديني المقدس المتضمن نصوصًا وأفكارًا تم تقديسها من مئات السنين.. وأصبح الخروج عليها صعب.. لدرجة أنها تعادي الدنيا كلها، حسب قوله. مشيرًا إلى الحاجة لوجود ما وصفها ب"ثورة دينية"، مضيفا: كيف لمليار وست ملايين مسلم يقتلون ويحاربون 7 مليار في العالم من أجل أن يعيشوا بأفكارهم المقدسة..؟!! احتفت صحيفة "بريكنج إسرائيل نيوز" بتصريحات السيسي في ذكرى المولد النبوي، التي طالب فيها بضرورة القيام ب"ثورة دينية" لتغيير المفاهيم الدينية، وقالت الصحيفة في عنوانها: "سيسي مصر يقول: إن الفكر الإسلامي معادٍ للعالم كله. شارلي ابدو
لم يخرج قائد الانقلاب ليعلن رفضه باعادة نشر الصور المسيئة للرسول صلي الله عليه وسلم كما قامت دول عربية اسلامية اخري ، حيث تقود خارجية الانقلاب بمساعدة دول خليجية، حملات قوية من أجل استغلال هذه الحادثة، والضغط علي الحكومات الغربية للقبول بقمع الإسلاميين.