أكد الدكتور رفيق حبيب- المفكر القبطي ومستشار الرئيس- أن جماعة الإخوان المسلمين ليست بديلًا لنظام مبارك بعد الثورة، موضحًا أن المرجعية والسياسات التي يختارها الشعب بعد الثورة هي بديل المرجعية والسياسات التي فرضها نظام مبارك على المجتمع، وأن كل قوة تعبر عن تلك الخيارات التي يتوافق عليها أغلبية المجتمع ويمكن أن تمثله. وأشار حبيب عبر "فيس بوك" إلى أن الثورة لم تكن ضد شخص، بقدر ما كانت ضد نظام سياسي بكل مرجعيته وسياساته، ولذا أصبح خيار الشعب هو البديل عن خيارات النظام السابق. وقال مستشار الرئيس: ما كان مفروضًا على عامة الناس من قبل النظام البائد يسقط مع سقوط النظام، لتصبح خيارات المجتمع الحرة هي البديل.