وظفت سلطة الانقلاب المستشار محمد ناجي شحاتة -رئيس الدائرة الخامسة بمحكمة جنايات الجيزة، المختصة بنظر قضايا الإرهاب- في موضعه الصحيح؛ وكانت على يقين من أنه سيحقق هدفها وسيكون رهن إشارتها؛ فاختارته محكمة استئناف القاهرة برئاسة المستشار نبيل صليب، ليحاكم الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، و50 من قيادات الجماعة، لاتهامه في القضية المعروفة إعلاميًا ب"الخطة رابعة". وبالفعل لم يخيب ظنها فيه، حيث قرر يوم الخميس إحالة أوراق الدكتور محمد بديع المرشد العام للإخوان و13 آخرين من قيادات الجماعة في قضية "أحداث مسجد الاستقامة" إلى المفتي، وحدد جلسة 3 من أغسطس المقبل للحكم، ووجهت النيابة للمتهمين تهمًا عدة من بينها القتل العمد والشروع في القتل والانضمام إلى جماعة الغرض منها تكدير الأمن والسلم العام والإضرار العمدي بالممتلكات العامة والخاصة ومقاومة السلطات. وتضم قائمة المتهمين في القضية كلاً من: الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان، د. محمد البلتاجي، د. عصام العريان، د.باسم عودة، وعاصم عبد الماجد عضو مجلس شورى تنظيم الجماعة الإسلامية، د. صفوت حجازي وعزت جودة وأنور شلتوت والحسيني عنتر محروس وشهرته (يسري عنتر) وعصام رشوان ومحمد جمعة حسين حسن وعبد الرازق محمود عبد الرازق، وعزب مصطفى مرسي ياقوت ومحمد علي طلحة رضوان. وتعود القضية الهزلية إلى يوم 22 يوليو الماضي عندما اندلعت احتجاجات عنيفة أمام مسجد الاستقامة بالجيزة وأسفرت عن مقتل تسعة أشخاص على الأقل وإصابة نحو 20 آخرين. عُرف القاضي شحاتة بتواطئه في تزوير انتخابات مجلس الشعب بدائرة الزرقا بدمياط وإسقاط مرشح الإخوان محمد الفلاحجي، وبالتالي أدرج اسمه على القائمة السوداء للقضاة الذين قاموا بتزوير انتخابات 2005. وأيضا يختص بالنظر في القضية رقم 3 لسنة 2014 جنايات أمن الدولة العليا المعروفة ب"خلية ماريوت" والمتهم فيها 20 من المراسلين الأجانب، وصحفيون مصريون، وأعضاء من الإخوان المسلمين، بتكوين شبكة إعلامية تعمل على تشويه صورة مصر بالخارج عن طريق اصطناع مشاهد غير حقيقية وبثها عبر قناتي الجزيرة و"سي إن إن". كما يحاكم المستشار محمد ناجي شحاتة المتهمين بحرق المجمع العلمي، خلال أحداث المصادمات التي وقعت في شهر ديسمبر عام 2011، بشارع قصر العيني، والمعروفة إعلاميًا ب"أحداث مجلس الوزراء"، ويبلغ عدد المتهمين فيها 268 متهمًا.