أكد الأنبا باخوميوس، أسقف البحيرة، وقائم مقام البطريرك، أن وصول الإخوان المسلمين للحكم لا يقلق الأقباط، "لأن الذي يحكم ليس الشخص لكنه القانون"، مطالبا في الوقت نفسه بقانون لبناء الكنائس. وقال باخوميوس خلال حواره لبرنامج "آخر النهار" على فضائية النهار، والذي يقدمه الإعلامي محمود سعد "تم أخذ رأينا في الدستور وما اقترحناه حتى اليوم تم الأخذ به، ونتابع عن كثب ما يحدث بلجنة الصياغة." وأشار باخوميوس إلى أن الأقباط اقترحوا مطالب عادلة مثل حق المواطنة، والرجوع إلى شرائعهم، وتطبيق مبادئ الشريعة وليس أحكام الشريعة، والحق في إقامة رؤسائهم الدينيين واختيار البابا. وفيما يخص الرقابة على أموال الكنائس، قال باخوميوس "لدينا مصروفات كثيرة لا يمكن إعلانها، وإذا واجهنا عجزا لن تساعدنا الحكومة كما تساعد في بناء المساجد." وأضاف "الأرض أرضنا، والفلوس فلوسنا، وتطلع عنينا علشان نبني كنيسة". وأوضح "الرقابة على أموال الكنيسة غير مقبول، وبيتلخص في أمانة العاطي والواهب والموزع، وحرية العطاء، ولا يجوز الإعلان عن تفاصيل أموال الذكاة منعا لإحراج المستفيدين منها."