شهد تنظيم أنصار بيت المقدس العديد من التطورات منذ نشأته، والتي كانت لها تأثير في وجهة التنظيم وتحديد أهدافه، بل أصبحت هي المكونات الأساسية لشخصية التنظيم وما أصبح عليه الآن، والمتمثلة في الآتي: 1-الاستقلال: استقل التنظيم عن "مجلس شورى المجاهدين-أكناف بيت المقدس"، بعد مقتل الجهادي إبراهيم عويضة البريكات، مباشرة، بعد أن نسبه المجلس لعضويته متجاهلاً ذكر الأنصار، ما تسبب في خلافات سريعًا ما تصاعدت، ليخرج قرار الانفصال من أمير الفتوى. 2-القواعد: ارتفاع عدد المُستقطبين من أبناء القبائل والمدن الحدودية، مع سقوط المدنيين خطأً في المعارك بين التنظيم وقوات الأمن، وتردي الحالة الاقتصادية. 3-التمويل: تنوع وزيادة مصادر التمويل من الداخل والخارج، لخدمة أهدافها مستخدمة اسم التنظيم. 4-التسليح: انضمام بعض عناصر حركة "حماس" في سيناء ل"أنصار بيت المقدس"، أدى لسيطرة الأخير على بعض مخازن الأسلحة الثقيلة المملوكة للحركة، ومن ضمنها مخزن يحتوي على رشاشات مضادة للطائرات المحمولة على الكتف، الذي أسقط بواسطته طائرة الأباتشي التابعة للجيش المصري. 5-التمدد: مبايعة عدد من العناصر التكفيرية والجهادية للتنظيم، في عدد من المحافظات، من المُفرج عنهم فترة حكم الدكتور محمد مرسي، والقيام بعمليات إرهابية باسمه فيما سُمي ب"الغزوات". 6-التحول: شهد التنظيم عدة تحولات نتج عنها صراعات وتحولات داخلية، وصلت في بعض الأحيان للاغتيال، ولعل غموض مقتل محمد فريج زيادة، أحد منتجات تلك التحولات، حيث كان "زيادة" من الموالين للقاعدة قلباً وقالباً، ورفض أن ينقض التنظيم بيعة الظواهري، لينضم ل"داعش"، وعمل "زيادة" لفترة شهور خارج هيكل التنظيم مع مجموعة من مؤيديه، في حين تولى شادي المنيعي مهام أمير الجهاد بديلاً عنه، حيث كان للأخير دور بارز في التواصل مع "داعش" عبر عادل حبارة، المنتمي لامتداد نفس القبيلة، وكذلك شادي السواركة، والذي نجح في توصيل واستقبال الرسائل من وإلى "داعش"، حتى لقي زيادة مصرعه، فتحول التنظيم كلية لمبايعة "داعش".