تسببت المادة الخاصة بالمحاكمات العسكرية للمدنيين، أزمة حادة بين أعضاء لجنة الخمسين لتعديل الدستور، خلال جلستها المغلقة لمناقشة المواد المتعلقة بالمؤسسة العسكرية، على إثرها انسحب الناشط السيناوي مسعد أبو فجر من الجلسة، فور بدء التصويت على المادة الخاصة بمحاكمة المدنيين عسكريا. وقال أبو فجرعقب خروجه غاضبا من الجلسة للمحررين البرلمانيين، إن هذه المادة لاتصلح للعرض، ولا ينبغي أن تطرح أمام لجنة الخمسين من الأساس. وهدد أبو فجر بتصعيد "قد يصل الى الاستقالة من اللجنة إذا ماتم تمرير هذه المادة". وقال: "المادة بصياغتها الحالية معوجة والمعوج لا يستقيم حتى لو صوت عليه العالم كله وليس الخمسين عضوا فقط". وأوضحت مصادر باللجنة أن الجلسة تناقش عدد من المقترحات المتعلقة بمادة القضاء العسكري، من بينها الإبقاء على نص المادة كما انتهت إليها لجنة نظام الحكم، بحيث يتم حظر المحاكمات العسكرية للمدنيين، إلا فى الجرائم التي تمثل اعتداء مباشر على القوات المسلحة، وينظم القانون تلك الجرائم ويبين اختصاصات القضاء العسكري الأخرى". ويتمثل المقترح الثاني في أن يتم تحديد الجرائم والمنشآت العسكرية في الاعتداء على فرد القوات المسلحة بسبب تأدية عمله وليس أثناء تأديته. وأشارت المصادر إلى أنه من بين المقترحات حظر المحاكمات العكسرية للمدنيين بشكل عام، مع استحداث مادة انتقالية جديدة تمنع التعدي على المنشآت العسكرية وأفراد القوات المسلحة، ويتم محاكمتهم عسكريا لفترة انتقالية يتم تحديدها بالدستور، كما تضمنت المقترحات حظر المحاكمات العسكرية، على أن يتم استحداث مادة جديدة لمكافحة الإرهاب.