إن فهم طبيعة العلاقات (المدنية – العسكرية) في الجزائر لا يتأتى دون إلمام بطبيعة المؤسسة العسكرية الجزائرية وكيفية نشأتها. يعد الجيش الجزائري مؤسسة ذات طبيعة خاصة، فهو من ناحية يختلف عن وضع الجيوش في دول ما بعد الاستعمار فلم تكونه القوى الاستعمارية قبل رحيلها ولم يتدرب أفراده في المدارس العسكرية الأجنبية، ومن ناحية أخرى فالمؤسسة العسكرية في الجزائر لم تتكون عقب استرجاع السيادة الوطنية من أفراد عسكريين بالأساس، وإنما كان قوام هذه المؤسسة من الفلاحين وبعض المناضلين السياسيين، وبالتالي فإن القوات المسلحة تستمد شرعيتها كونها امتداد ل "جيش التحرير الوطني". وبالرغم من إقرار مؤتمر "الصومام" 1956، بمثابة الوثيقة التأسيسية للجمهورية الجزائرية الحديثة، بأولوية السياسي على العسكري، فإن دور جيش التحرير على الأرض في مواجهة الاحتلال الفرنسي، ومن ثم بناء الدولة ومؤسساتها قد أفضى لتفوق العسكر على السياسيين، كما أن الطبيعة المنضبطة للعسكريين في مقابل القوى السياسية المتصارعة كان أحد عوامل الحسم لصالح العسكريين. وعليه فقد أسس الوضع السابق لتخصيص وضع متميز للجيش في دستور 1963 بحيث نص صراحة على مشاركة الجيش في الأنشطة السياسية والاجتماعية للبلاد في إطار لحزب جبهة التحرير الوطني. ودون الدخول في تفاصيل الخبرة الجزائرية التي حفلت بالانقلابات العسكرية وبدور محوري للمؤسسة العسكرية حتى اضطر النظام تحت وطأة انتفاضة شعبية في 1988 إلى الانفتاح الجزئي بإصدار دستور 1989 الذي نص على انسحاب الجيش من الحياة المدنية عن طريق النص المبهم بتكوين المجلس الأعلى للأمن كهيئة استشارية، إلا أن المؤسسة العسكرية أخفقت في أول اختبار لها بإلغاء الانتخابات التشريعية في 1991 عقب فوز جبهة الإنقاذ الإسلامية بها، لتبدأ فترة من أكثر الفترات دموية في تاريخ الجزائر والتي كان المجلس الأعلى للأمن القائم فيها على إدارة البلاد. وبوصول عبد العزيز بوتفليقة لرئاسة الجمهورية في 1999 – كمرشح مدعوم من المؤسسة العسكرية – استطاع أن يقلص من نفوذ العسكر على السياسية وعمد إلى تعيين حلفاءه والمقربين منه في المواقع القيادية سواءً في المناصب السياسة أو في الجيش، إلا أن بذل بوتفليقة لتلك الجهود لتقليص النفوذ العسكري لم يكن بأي حال من الأحوال جزء من خطة للتدعيم الديمقراطية وإنما هي بالأساس لتدعيم نفوذه وتوفير مساحة أوسع لتحركه. وبالنظر لأنماط تدخل المؤسسة العسكرية الجزائرية في الحياة السياسية، نجدها تتركز في نمطين، الأول هو "التدخل المباشر" بحيث ينصب الجيش نفسه حامياً للنظام مما يهدده من أخطار – من وجهة نظر قاداته – وهو ما حدث أكثر من مرة على مسار التاريخ الجزائري ( آخرها فوز جبهة الإنقاذ الإسلامية بالانتخابات). أما النمط الثاني فيتمثل في "اختيار أو تزكية" القيادات السياسية، فبدلاً من أن يكون الدور السياسي للجيش انتقالياً بمعنى انسحابه لثكناته تاركاً الساحة للمدنيين في ظل شرعية دستورية ومؤسساتية، فإن الجيش في الجزائر فضل أن تعيش الجزائر في مرحلة انتقالية طويلة، يتدخل الجيش فيها إما باختياره المباشر للقيادات السياسية (إقالة الشاذلي بن جديد وتعيين محمد بو ضياف)، وإما بتزكية مرشح ما (بوتفليقة في انتخابات 1999). من الواضح أن الحكم العسكري في الجزائر قد أنتج لنا مساراً مشوهاً للتحول الديمقراطي يغيب فيه "تداول حقيقي السلطة"، حيث تدخل الجيش أكثر من مرة لتعطيل مسارٍ انتخابي أو تفضيل أشخاص بأعينهم، بحيث تكون الواجهة فقط مدنية ويمكن التضحية بها في أي وقت حفاظاً على تفوق المؤسسة العسكرية (تعاقب 5 رؤساء و5 رؤساء حكومة في الفترة 1992-1999). ما سبق يستتبعه ضعف في "المشاركة السياسية" في ظل إدراك المواطن عدم جدوى مشاركته إذ أن تفضيلات الشعب لا قيمة لها في مواجهة تفضيلات العسكر، وأن السلطة السياسية هي سلطة "ضعيفة" وتمثل غطاء للحكم العسكري.