أفتى عدد من شيوخ التيار السلفى «المدخلى»، بأن الرئيس محمد مرسى أصبح أميرا للمؤمنين، بعد تسلمه صلاحيات الرئيس من المجلس الأعلى للقوات المسلحة، فيما رفض مجمع البحوث الإسلامية الفتوى، قائلاً إن صفة «أمير المؤمنين عفا عليها الزمن». وقال الشيخ محمود لطفى عامر، رئيس جمعية أنصار السنة فى دمنهور، ل«الوطن»، أحد أبرز شيوخ التيار «المدخلى» الذى كان يصف جماعة الإخوان المسلمين بالخوارج وأن مبارك كان وليا للأمر، إن مرسى بخلفيته الإسلامية أصبح الحاكم الشرعى للبلاد الذى تجب «طاعته ولا تجوز معارضته» وأصبح «أمير المؤمنين»، ليس لأنه رئيس شرعى منتخب؛ بل لأن الجيش -صاحب السلطان- سلم السلطة له، وأضاف: «على الرغم من أن مرسى حاكم مبتدع وابن لجماعة مبتدعة، فإن طاعته واجبة الآن». وشدد الشيخ محمد سعيد رسلان -أحد رموز التيارالسلفى المدخلى- على أن الدكتور مرسى، ولى الأمر وطاعته واجبة، ولا تجب معارضته فى العلن، كما أن انتقاد سياساته أو طريقة إدارته أو الخوض فى خصوصياته، يعتبر معصية لا ترضى الله. وقال رسلان فى خطبة صوتية أذاعها موقعه الشخصى على الإنترنت: «على أمير المؤمنين الجديد الفصل بين جماعة الإخوان المبتدعة وبينه، ومن الواجب شرعا أن يستقيل من الجماعة وحزبها؛ لأن المنتمين للجماعة يدينون لها ولمرشدها بالسمع والطاعة»، واستشهد بما جاء فى جريدة «الوطن»، على لسان ضياء رشوان الخبير السياسى بأن على مرسى إعلان حل بيعته لمرشد الإخوان علنا، وليس العكس، واصفا الالتزامات الشرعية التى توجبها بيعته للمرشد «بالخطيرة». فى المقابل، رفض الدكتور محمد الشحات الجندى عضو مجمع البحوث الإسلامية ما قاله رموز التيار السلفى المدخلى، وقال: «الدكتور مرسى رئيس الجمهورية فى نظام دولى حديث، وخلع مثل هذه الأوصاف عفا عليها الزمن»، وانتقد قول بعضهم بأنه لا تجوز معارضة الحكام فى العلن، مستشهداً بمقولة خليفة المسلمين أبى بكر الصديق، الذى قال: «أطيعونى ما أطعت الله فيكم».