رفض عدد من أعضاء هيئة التدريس بالجامعات، ترشيح الدكتور عمرو الشوبكي لحقيبة وزارة التعليم العالي، مؤكدين أن "الشوبكي" سياسي متميز وأكاديمي، لافتين إلى أنه ليس لديه الخبرة الكافية في مجال التعليم العالي، وليس له علاقة بقوانين الجامعات ومشاكلها. صرح الدكتور وائل كامل، المتحدث باسم مؤتمر "31 مارس"، أن تداول اسم الدكتور عمرو الشوبكي وترشيحه لوزارة التعليم العالي غير ملبي لآمال أعضاء هيئة التدريس ووزارة التعليم العالي، مشيرا إلى أنه رجل سياسي وحزبي فقط ولا يعلم مشاكل الجامعات. ويرى كامل، أنه لابد من وضع معايير وأسس أساسية من قبل هيئة تدريس الجامعات يتم من خلالها اختيار الوزير القادم. ومن جانبه، أكد الدكتور محمود علم الدين، أستاذ الإعلام بجامعة القاهرة، أن الدكتور عمرو الشوبكي سياسي متميز وأكاديمي، ولكنه ليس له خبرة كافية في مجال التعليم العالي، وليس له علاقة بقوانين الجامعات ومشاكلها، مشيرا إلى أن الوزارة تحتاج إلى قيادة جامعية تكون على دراية بما يحدث في الوزارة والجامعات، وتحتاج إلى شخص ذي خبرات سابقة في الوزارة ليسير دولاب العمل مثل الدكتور عمرو عزت سلامة الوزير الأسبق. ومن ناحية أخرى، أكدت نقابة علماء مصر على رفضها للتحركات المشبوهة والتصحريات العبثية التي وصلت حد الهزل السخيف بشأن مصالحات وتعيينات وزارية أو بشأن شخصيات تفكر في قبول حقائب وزارية، وذلك وفق ما جاء بالبيان الذي أصدرته النقابة ردا على ما تم تبادله من تصريحات بخصوص تولى عمرو الشوبكي وزارة التعليم العالي، مؤكدة أن نقابة أعضاء هيئة التدريس بالجامعات المصرية تتابع ببالغ القلق ما يجري على الساحة السياسية المصرية. وقال عبدالله سرور، رئيس نقابة علماء مصر، "نحن أعضاء هيئة التدريس نرفض أن يتولى أمر الوزارة أحد ليس أهلا بذلك، لأن الوزارة غنية بأبنائها وقدراتهم الهائلة وخبراتهم الكبيرة بكل ما يختص بالعمل من أجل النهوض بالجامعات المصرية والارتقاء بها".