الأواصر المرتبطة تاريخيًا بين بلدين يعدان امتدادًا جغرافيًا لبعضهما، تزيدها العلاقات الاقتصادية والتجارية، منذ أن فتحت جيوش محمد علي السودان عام 1820، وأصبح السودان جزءًا من مصر وصار البلدان دولة واحدة. في ظل عضوية البلدين الشقيقين بمنطقة التجارة الحرة العربية الكبري وبتجمع الكوميسا، شهدت العلاقات التجارية المصرية - السودانية نموًا ملحوظًا. بلغ عدد المشروعات المصرية المستثمرة بالسودان خلال الفترة 2000 - 2013 نحو 229 مشروعًا برأسمال مصدر بلغ نحو 10.8 مليار دولار أمريكي تتركز في القطاعات الصناعية والزراعية والخدمية، ومن أهم المشاريع المشتركة بين البلدين في مجالات النقل والطرق، حسب الهيئة العامة للاستعلامات. بينما بلغ حجم التبادل التجاري بين البلدين بنهاية عام 2013 ما قيمته نحو839 مليون دولار مقابل نحو 772 مليونًا عام 2012 بزيادة نسبتها 8.7%، وبلغت الاستثمارات السودانية في مصر نحو 97 مليون دولار أمريكي ممثلة في 315 شركة سودانية مستثمرة تتركز في القطاعات الصناعية والتمويلية والخدمية والزراعية والإنشائية والسياحة والاتصالات. وفي 5 أكتوبر 2016، وقّع الرئيسان عبدالفتاح السيسي ونظيره عمر البشير على وثيقة شراكة استراتيجية شاملة بين مصر والسودان، كما وقع الرئيسان على المحضر الختامي للدورة الأولى على المستوى الرئاسي للجنة العليا المشتركة بين البلدين، وعقِب ذلك، شهد الرئيسان توقيع عدد من اتفاقيات التعاون المشترك بين مصر والسودان من جانب المسؤولين المعنيين لتعزيز التعاون الثنائي في العديد من المجالات. ومن أهم المشاريع المشتركة بين البلدين في مجالات النقل والطرق، حسب ما رصدته الهيئة العامة للاستعلامات، هي: بناء الطريق الساحلي بين مصر والسودان بطول 280 كيلو متر داخل. مشروع طريق قسطل وادي حلفا بطول 34 كم داخل الأراضي المصرية، و27 كم داخل الأراضي السودانية. طريق أسوان / وادى حلفا / دنقلة. تطوير وإعادة هيكلة خطوط السكك الحديدية لتسهيل حركة نقل البضائع والأفراد. مد الشبكة الكهربائية إلى شمال السودان. تطوير شبكة الري والصرف فى السودان. وعن أهم الاتفاقات التجارية بين البلدين، فهم، اتفاقية الكوميسا التي تتم حاليًا في إطارها المعاملات التجارية بين البلدين، واتفاقية تيسير وتنمية التبادل التجاري وبرنامجها التنفيذي لإقامة منطقة تجارة حرة عربية كبرى، وبروتوكول للتبادل التجاري بين البلدين (مارس 1993)، ويتضمن أهم بنوده أن تتم المعاملات التجارية بالعملات الحرة القابلة للدفع وبنظام الصفقات المتكافئة، بالإضافة إلى الاتفاق على إنشاء منطقة حرة بمدينة "جوبا" ويجمع البلدين أنهما دولة مصب، حيث تشكّل السودان بالنسبة لمصر أهمية خاصة فيما يتعلق بهذه الجزئية، فقد حظيت العلاقة المائية بين البلدين باهتمام خاص لاعتبارات الجغرافيا والتاريخ والدين واللغة والمصاهرة، فضلًا عن الموقع السياسي للسودان بالنسبة لمصر، والتزمت الدولتان بكل بنود التعاون طبقًا لما أقرته اتفاقيتي 1959و1929 بتنظيم استغلال مياه نهر النيل بما يحقق صالح كل من مصر والسودان في حدود الحصص المقررة لكل دولة.
