أو ضح الفاتيكان في بيان اليوم، أن الاتهامات الموجهة للبابا الجديد فرنسيس الأول، بشأن الحكم الديكتاتوري في الأرجنتين، خلال الفترة ما بين 1976 و1983 "افتراء وتشهير". وكان قد عاد الجدل حول موقف الكنيسة الأرجنتينية خلال سنوات الدكتاتورية 1976-1983، بعد انتخاب البابا الجديد جورجي بيرجوجليو، الذي استمع إليه القضاء في 2010 بصفة شاهد في قضية سجن اثنين من اليسوعيين. ويشتبه معارضو البابا بأنه متورط في خطف اثنين من المبشرين اليسوعيين، وهما أورلاندو يوريو وفرانشيسكو خاليكس، اللذين سجنا في 23 مارس 1976، ثم تعرضا للتعذيب في المدرسة الميكانيكية للبحرية، التي تحولت الى مركز للاعتقال اشتهر بوحشيته، قبل أن يطلق سراحهما بعد خمسة أشهر، وقد نفى البابا، الذي كان حينذاك يدير جمعية اليسوعيين في الأرجنتين، علاقته بذلك الأمر، وأكد أنه طردهما باسم الحياد السياسي لجمعية اليسوعيين، وقال إن هدفه حينذاك كان حماية وحدة اليسوعيين. ومن أبرز متهمي البابا فرنسيس الأول، هوراسيو فيربيتسكي، مؤلف كتاب "لعبة مزدوجة: الأرجنتين الكاثوليكية والعسكرية". ويؤكد فيربيتسكي أن لديه "خمس شهادات جديدة تؤكد دور البابا الجديد في القمع الذي كانت تمارسه الحكومة العسكرية داخل الكنيسة الكاثوليكية، التي يرأسها اليوم، بما في ذلك دوره في اختفاء كهنة". وقد كتب في صحيفة "باجينا 12" غداة انتخاب البابا أن "النزاعات الداخلية في الكنيسة الرومانية تتبع منطقا يصعب تفسيره إلى درجة أن أكثر الوقائع غموضا يمكن أن تنسب إلى الروح القدس". وفي 2005، ورد اسم الكاردينال الأرجنتيني في التحقيقات حول خطف المبشرين اليسوعيين، وفي نوفمبر 2010، وعندما كان كاردينالا ورئيس كنيسة الأرجنتين، تم استجوابه كشاهد من قبل قضاة في مقر الأسقفية في إطار تحقيق حول جرائم ارتكبت في عهد الديكتاتورية. ونفى البابا الجديد أي تورط له في القضية، وأكد أنه طلب تدخل رئيس المجموعة العسكرية الحاكمة حينذاك، جورجي فيديلا، للحصول على إطلاق سراح المبشرين.
