قال الدكتور عمار علي حسن المحلل السياسي في الشئون الإسلامية: إن الخلاف الحالي بين الاخوان والسلفيين هو خلاف طبيعي بعد أن اكتشف السلفيون أن الاخوان يعتبرون أنفسهم هم الممثل الوحيد للإسلام طبقاً لخطه خيرت الشاطر نائب مرشد جماعة الاخوان المسلمين التي اعلنها عام 2005. وأوضح حسن في تصريح ل أن الفترة المقبلة ستشهد صراعاً بين الاخوان و السلفيين بعد أن أكتشف السلفيون أن الاخوان يحاربون كل التيارات الإسلامية الأخرى ويسعون لتفتيت الدعوة السلفية و خلق احزاب سلفيه أخري مثل حزب الوطن لبث الفرقة في صفوف السلفيين مشيراً إلي أنه حذر السلفيين في أكثر من مناسبة من غدر الاخوان وعليهم حالياً الخروج من عبائه الاخوان. واوضح حسن ان الخلاف بين الاخوان والسلفين عميق وجذري وليس طارئا علي هذه المرحلة، موضحا ان ما كان يجمع بينهم خلال الفترة الماضية هي المصالح وأن جماعة الاخوان المسلمين نجحت في اقناع السلفيين بفكرة العدو الذي يمثل خطرا علي الشريعة الاسلامية مما اجبرها علي التحالف معها بهدف حماية الشريعة، ولكن بعد فترة تبين للسلفين ان الاخوان لا يحافظون علي الشريعة ولا يسعون الي تطبيقها وكل ما تهدف اليه الجماعة هو الوصول الي الحكم، حسب تعبيره. وأضاف ان السلفيين ترسخت لديهم فكرة ان الاخوان يحتكرون جميع مناصب الدولة ويتعاملون معهم بكبرياء، بالإضافة الي اقتناع السلفيين التام بأن خيرت الشاطر كان السبب الرئيسي في الانشقاق الذي وقع بحزب النور السلفي والذي نتج عنه تأسيس حزب الوطن . وأكد الدكتور جمال زهران أستاذ العلوم السياسية أن جماعه الاخوان المسلمين تريد اقصاء السلفيين من المشد السياسي واحداث انشقاقات داخل صفوفها بعد خروجها عن طوعها. وقال زهران أن طرح النور لمبادرته لحل الازمه السياسية و اقتراب الانتخابات البرلمانية كان سببًا رئيسيًا لبدء حمله التشويه واقصاء السلفيين وتفتيت صفوفهم عن طريق انشاء احزاب سلفيه اخري مثل حزب الوطن واقصاء السلفيين من مراكز صنع القرار. وأشار زهران في تصريحات ل"لصباح" أنه اذا كانت مؤسسه الرئاسة قد اقصت الدكتور خالد علم الدين بسبب استغلال منصبه فلماذا لم تقصي ياسر علي المتحدث باسم الرئاسة الذي تزوج عرفياً واستغل سيارات الرئاسة لنقل أثاث منزله؟ وقال إن مكتب الارشاد هو من يدير مؤسسه الرئاسة و حينما بدأ مستشارو النور في الاعتراض علي ادارة مؤسسه الرئاسة بدأ الاخوان في مسلسل اقصائهم عن طريق تشويه سمعتهم. وأوضح أنه علي السلفيين أن يدركوا أن الاخوان المسلمين يريدون أن ينفردوا بالسلطة واقصائهم من الحياة السياسية وعليهم الانضمام لصفوف المعارضة. وقال عبدالغفار شكر القيادي بجبهة الانقاذ الوطني أن استقالة مستشاري الرئيس تأتي علي خلفيه الخلافات الاخيرة بين الاخوان المسلمين والسلفيين وتعمد الاخوان اقصائهم من المشهد السياسي عن طريق تهميش اقتراحاتهم ومبادرتهم واخرها مبادرة حزب النور التي تعمد الاخوان المسلمين عدم الاخذ بها و تأكيد الدكتور سعد الكتاتني في أقصر من مناسبة أن الحديث لم يتطرق لها. وأضاف شكر أن انضمام السلفيين لصفوف المعارضة في كثير من المواقف في الفترة السابقة أدي إلي غضب الجماعة علي السلفيين و اقصائهم من مؤسسه الرئاسة والعديد من المناصب القيادية وهذا سيزيد من حاله الاحتقان لدي السلفيين متوقعاً استقالة جميع مستشاري الرئيس المنتمين لحزب النور في الفترة القادمة. وقال شكر أن الاخوان يريدون السيطرة علي مؤسسه الرئاسة عن طريق اقصاء جميع المستشارين المختلفين مع الجماعة وهذا ما حدث من استقالات جماعيه لمستشاري الرئيس المنتمين للتيار المدني ومحاوله تشويه صورة المنتمين للتيار السلفي.