منذ الإعلان عن القائمة النهائية للمرشحين للكرسى البابوى اختفى عن الأنظار أبزر رموز الكنيسة الذين كانوا مقربين من البابا شنودة الثالث، وأبرزهم الأنبا بيشوى الملقب بالرجل الحديدى الذى كان سكرتيرا للمجمع المقدس، والأنبا يوأنس والأنبا أرميا سكرتيرا البابا الراحل. وكشفت الأجواء داخل الكنيسة عن تسليط الأضواء على شخصيات مقربة من البابا تواضروس داخل المجمع المقدس، ومن أبرزهم الأنبا بيشوى، مطران دمياط وكفر الشيخ والبرارى، والذى كان فى عهد البابا شنودة الثالث أحد الأساقفة البارزين لكونه سكرتير المجمع المقدس ولارتباط اسمه كثيرا بالمحاكمات الكنسية. وقال مصدر كنسى إنه على الرغم من اختفاء الأنبا بيشوى عن الأضواء بعد إعلان لجنة الترشيحات البابوية انسحابه من الانتخابات الباباوية، إلا أن الأجواء كانت تشير إلى وجود صراع بين رموز نظام البابا شنودة، وبين النظام الجديد الذى يقوده البابا تواضروس بفكر جديد للكنيسة يعاونه فيه مجموعة من أنشط الآباء الأساقفة، ومنهم الأنبا رافائيل، الأسقف العام لكنائس وسط القاهرة ونيافة الأنبا يوسف، أسقف جنوب أمريكا. وكشفت مصادر مقربة من الأنبا بيشوى عن رغبته فى الابتعاد عن الأضواء داخل المقر البابوى حيث مكتب السكرتارية الخاص به، والتوجه إلى دير القديسة دميانة للراهبات ببرارى بلقاس وهو الدير الذى يشرف عليه. وأكدت مصادر مقربة من الأنبا يوأنس أنه على الرغم من رغبته فى الجلوس على الكرسى البابوى، إلا أن محبته الشديدة للبابا تواضروس جعلته يسلم كل الأمور فى يد الله، ويقول إن كل الأمور تعمل الخير للذين يحبون الله، وقد ابتعد الأنبا يوأنس عن الأنظار وعن شاشات التليفزيون وأصبح تركيزه الأكبر فى خدمة أسقفية الخدمات، وقد ارتبطت شهرة الأنبا يوأنس بالبابا شنودة الثالث وخدمته معه، لذا أصبحت تتساءل الألسن هل ستستمر شهرة الأنبا يوأنس بعد رحيل البابا شنودة، وهل سيواصل تسابيحه فى كنيسة العذراء بالزيتون وكيف سيكون مصيره فى عهد البابا تواضروس. فيما يصف البعض الأنبا أرميا بأنه الابن المدلل للبابا شنودة الثالث، إذ كان يقوم بدور الحارس المحب للبابا شنودة، حيث يلازمه فى كل مكان، ويقف بجواره ويمنع الناس عنه، ولم يكن للأنبا أرميا صدى فى الأجواء الكنسية كثيرا فى بداية خدمته كسكرتير خاص للبابا شنودة، لكن بدأت الأنظار تتجه نحوه. وبعد نياحة البابا شنودة عمل الأنبا أرميا كثيرا للدفع بالأنبا بيشوى للجلوس على كرسى مارمرقس، ولعلمه بصعوبة هذا الأمر فى ظل القيادة الحكيمة للأنبا باخوميوس القائم مقام البطريركى، بدأ يروج شائعات على الأنبا باخوميوس، ويحاول أن يعزله ولكن فشل الأمر، وكانت المفاجأة أن يجلس على كرسى مارمرقس تلميذ الأنبا باخوميوس، الأمر الذى أخاف كل من كان ضد الأنبا باخوميوس.