اتهم الدكتور خالد سمير نائب رئيس المجلس الاستشاري لوزير التعليم العالي، "النظام السابق" بمعارضة قانون تنظيم الجامعات الجديد، ومنعه من الوصول إلي مجالس الأقسام والكليات لتضمنه مادة 192 والتي تنص علي "انتهاء مدد رؤساء الجامعات ونوابهم والعمداء ووكلاء الكليات ورؤساء الأقسام غير المنتخبين الحاليين (الذين تم تعيينهم قبل أول أغسطس 2011)، على أن يتم انتخاب وتعيين رؤساء الجامعات والعمداء ورؤساء الأقسام للوظائف الشاغرة وفقاً لأحكام هذا القانون فى خلال 3 أشهر على الأكثر من تاريخ نفاذ القانون". وأشار سمير إلي أن تلك المادة تمثل تهديد مباشر لعدد من رؤساء الجامعات الحاليين، وأنها السبب الرئيسي في حالة الجدل ضد القانون، وكذلك تضليل المجتمع الجامعي، بطرح بنود ليست من القانون، وهي وسيلة "الفلول" لمنع تمرير القانون للحفاظ علي مقاعدهم.
ونفى ضم المعيدين والمدرسين المساعدين إلي أعضاء هيئة التدريس في مسودة قانون تنظيم الجامعات الجديد، مضيفاً أن وظائف المعيد والمدرس المساعد هي وظائف مؤقتة لإتاحة الفرصة لهم لعمل رسائل علمية جديدة للترقي.
وقال: إنه لا توجد أي دولة في العالم تضم المعيدين والمدرسين المساعدين إلي أعضاء هيئة التدريس، لأنها وظائف بحثية، وأكد على أن ضمهم يعني استمرار وجودهم داخل الجامعة بكوادرهم يعني وقف الأبحاث العلمية نهائياً وبالتالي التأثير السلبي علي العملية البحثية في الجامعات.
وأشار نائب رئيس المجلس الاستشاري، إلي أن مسودة القانون ضمت المعيدين إلي القانون حتي لا يتم استغلالهم وتوقيع عقوبات عليهم دون أسباب والتعنت ضدهم كما كان يحدث في السابق، موضحاً أن مطالب المعيدين بالضم لمنع تحويلهم إلي أعمال أدارية حال عدم حصولهم علي الماجيستير بعد خمس سنوات وفق القانون القديم وسبعة في المسودة الجديدة.