أظهر تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات حول وجود العديد من المخالفات تتبعها نقابة الأطباء، منها عدم إتباع النقابة المبادئ المحاسبية المتعارف عليه، وانعدام الرقابة علي الحسابات الداخلية، وعدم تحقيق دورة مستندية للرقابة على المصروفات والإيرادات، ووجود عجز في موازنة النقابة والخلط بين حسابات لجنة الإغاثة الإنسانية والنقابة العامة. بينما أكد مسئولو النقابة أنهم لن يتهاونوا في حالة ثبوت المخالفات وتحويلها إلي الجهات المختصة، وأن ما تم عرضه مجرد ملاحظات سيتم الرد عليها.