من أهم القضايا التى شغلت الكنيسة مؤخرا , الأزمة التى نشبت بين الكنيستين الأرثوذكسية والإنجيلية، بعد رفض كاهن بكنيسة تابعة للطائفة الأرثوذكسية الصلاة علي عروسين لقيا مصرعهما ليلة الزفاف إثر اختناقهما بالغاز داخل شقتهما، لأنهما ينتميان إلي طائفة أخري ولذلك لا يجوز الصلاة عليهما وفقاً لتعاليم الطائفة الأرثوذكسية. وقد بدأت القصة حينما رفض كاهن كنيسة قرية "اتليدم" بمحافظة المنيا، الصلاة علي عروسين يتبعان الطائفة الأنجيلية، وقد كان عدد كبير من المشيعين للجنازة توجهوا للصلاة على الفقيدين ولم تتسع الكنيسة الإنجيلية الموجودة بالقرية للجميع فتوجهوا للكنيسة الأرثوذكسية وهى المكان الوحيد الذي يسع هذه الأعداد ولكن الآباء الكهنة المسئولين عن الكنيسة رفضوا الصلاة عليهما لأن العروسين من البروتستانت ولا يجوز الصلاة عليهما في الكنيسة الأرثوذكسية، وهو ما أثار غضب الكثير من أهالي القرية. وترتب على هذه الواقعة غضب قيادات الكنيسة الإنجيلية حيث وصف الدكتور أندريه زكى، رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر، ما حدث بالكارثة، موضحاً أن راعى الكنيسة الإنجيلية بالقرية كان مسافرا خارج القرية وأن أهالي المتوفين استأذنوا كهنة الكنيسة الأرثوذكسية للصلاة فيها فرفضوا، ومع رغبة الأهالي فى دفن المتوفين عاجلا، عرض المسلمون عليهم الصلاة بالمسجد. وتابع "علمنا السيد المسيح أن الإنسان أهم من الطقس ومن القوانين الوضعية وأعتقد أن حالة رفض الصلاة على الزوجين هي حالة إنسانية في المقام الأول، وكان ينبغي أن ينظر إليها من هذه الوجهة". وأشار إلي انه يحترم طقوس كل طائفة وممارستها لكن إذا لم يكن الإنسان هو الهدف تصير كل الممارسات بلا قيمة أمام الله. ولكنه عاد ليؤكد أن كهنة كنيسة المنيا لا يعبرون عن موقف الكنيسة الأرثوذكسية الأم، وأن ما حدث لن يؤثر على علاقات المحبة الأخوية بين الإنجيليين والأرثوذكس. وبعد أن تعرضت الكنيسة الأرثوذكسية بالمنيا لهجوم شديد من قبل بعض القساوسة والنشطاء الأقباط أصدر المجلس الإكليريكي بإيبارشية المنيا وأبو قرقاص، بيانا توضيحيا بشأن رفض الكنيسة القبطية بقرية إتليدم التابعة لمركز أبو قرقاص، صلاة الجنازة على جثمان زوجين "بروتستانت" جاء فيه "المشكلة تتلخص في الاعتذار عن القيام بشعائر أرثوذكسية ومن خلال الكاهن الأرثوذكسي، وبخلاف ذلك لا توجد مشكلة في استخدام المكان، وليصل فيه القسيس الرسولي، إن أراد ولم يكن هناك من بديل". وتابع المجلس الإكليريكي في بيانه "نحن نحترم الآخرين، ولكننا في ذات الوقت نتمسك بالعقيدة الأرثوذكسية، وندافع عنها ونشرحها، مسامحين كل من يتطاول علينا أو يسيء إلينا باسم التسامح والمرونة والحب".