رصد الجهاز المركزى للمحاسبات العديد من المخالفات لمصلحة الضرائب حيث تبين عدم قيام المصلحة بتحصيل الضريبه على المبالغ التى يدفعها اصحاب المنشات الفرديه والاشخاص الاعتباريه لغير المقيمين فى مصر والمتعاملين مع المنشات والمشروعات المقامه بنظام المناطق الحره بالمخالفه لاحكام الماده 56 من القانون 91 لسنة 2005 والماده 77 من اللائحة التنفيذيه , وقد تبين لدى الجهاز المركزى للمحاسبات عند فحصه بعض ملفات الشركات المقامه بنظام المناطق الحره , وجود شركات لم تقم بتوريد الضريبه ولم تقم المامورية التى تتبعها الجهه الدافعه للايراد بمطالبتها بالضريبه وبيان المبالغ التى لم يتم توريد الضريبه عنها فى بعض الشركات الشركه المصريه للاقمار الصناعيه (نايل سات ) والمبالغ التى لم يتم توريد الضريبه عنها تقدر 216.784.561دولار فى فترة حصر 2005حتى 3/6/2011 شركة الملاحه الوطنيه 40.341.380دولا من 2005حتى 2009 اى تى وركسى 4.760.634 دولار من 2005حتى 2008 شركة البترول المصريه الصينيه 3.500.000دولار من 2007حتى 2009 شركة ساييم مصر 4.490.000مليون يورو 2008 مدينة الانتاج الاعلامى 128.432دينار كويتى 615.226دولار من 2005حتى 2010 شركة النيل لشبكات الاتصالات ncn 126.299.310جنيه من 2005حتى 2007 شركة الانظمه الرقميه 46.485.621جنيه من 2005حتى 2006 بالاضافة الى وجود شركات لم تقم بتوريد الضريبه وقامت الماموريه التى تتبعها الجهه بمطالبتها بالضريبه بناء على ملاحظات الجهاز وحتى تاريخه ولم يتم توريد اى ضريبه وبيان المبالغ التى لم يتم توريد الضريبه عنها الشركه المصريه للقنوات الفضائيه c.n.e المبالغ التى لم يتم توريد ضريبه عنها وتم مطالبتها بها 865.319.810 جنيه من 2005 حتى 2010 شركة هيبى لانتاج مستلزمات الدواء 8.529.280 جنيه من 2005حتى 2006 وذكر التقرير وجود اوعيه خاضعه للضريبه بلغ ما امكن حصره منها بمبلغ 266.43 مليون دولار امريكى , مبلغ 4.49مليون يورو , مبلغ 128432دينار كويتى ونحو 1.05 مليار جنيه مصرى ولم يتم توريد الضريبه المستحقه علها حتى الان وتمثل 20%من قيمة تلك المبالغ او حسب النسبه الوارده من اتفاقيات الازدواج الضريبى بين مصر والدول المقيم بها الشركات التى تتلقى الايراد , الامر الذى ادى الى حرمان الخزانه العامه من الحصول على مبالغ تعادل مئات الملايين من الجنيهات خلال الفتره من 2005 حتى عام 2011 وقد خرج التقرير بمقترح وهو اتخاذ الاجراءات اللازمه نحو مخاطبة رئيس مصلحة الضرائب او السيد وزير الماليه لتحصيل الضريبه على المبالغ المشار اليها مع حصر باقى السنوات