انتظمت الدراسة فى جميع كليات جامعة الأزهر فرع أسيوط بعد انتهاء الأزمة التي استمرت على مدى ثلاثة أسابيع شهدت فيها الجامعة عدة إضرابات وتظاهرات لآلاف الطلاب وأعضاء هيئة التدريس وامتنع الجميع عن حضور المحاضرات ونظموا العديد من المسيرات احتجاجا على تبعية الجامعة لفرع القاهرة مطالبين بالاستقلال المالي الإداري حيث التقى وفد من أعضاء هيئة تدريس الجامعة بالإمام الأكبر الدكتور احمد الطيب شيخ الأزهر بمشيخة الأزهر حيث تم عرض المشكلة بكافة تفاصيلها وبعد مناقشتها توصل الجميع لبعض الحلول التي أرضت جميع الأطراف بموافقة شيخ الأزهر على منح نائب رئيس الجامعة فرع أسيوط كافة صلاحيات رئيس الجامعة فى التصرف المالي والإدارى كما وعد بإنشاء مدرجين ومعملين بكلية الطب والصيدلة للبنات وكذلك إعفاء الطلاب غير القادرين من دفع المصروفات الدراسية وتوزيع وجبة غذائية مجانية على الطلاب الذين لم يلتحقوا بالمدينة الجامعية رغم أحقيتهم بسبب قلة الأماكن كما وافق شيخ الأزهر على أن تكون اختبارات الدراسات العليا الشفوي والنظري فى فرع أسيوط ويكون وضع الأسئلة والتصحيح بالتناوب بين القاهرةوأسيوط ووجه بحري كما تقرر خلال اللقاء تخصيص موارد الفرع من الجهود الذاتية للإنفاق على تطوير لفرع وتحديثه واستكمال إنشاءاته بدلا من توزيعها على أكثر من جهة كما كان يحدث سابقا . وتقرر أيضا التعاقد مع شركات للنقل والمواصلات لتوفير وسائل نقل للطلاب والموظفين وأعضاء هيئة التدريس من والى الجامعة .