تدارس مجلس أمناء الثورة نتيجة الانتخابات الرئاسية المصرية - شبه النهائية وغير الرسمية -والتي انتهت إلى التأكد من الإعادة بين الدكتور محمد مرسي مرشح حزب الحرية والعدالة، وأحمد شفيق مرشح النظام السابق، وهو ما مثل مفاجأة من العيار الثقيل للقوى الثورية فقد باتت الثورة ومصير الدولة المصرية في خطر في حال وصول شفيق إلى سدة الحكم. ويرى مجلس أمناء الثورة أنه لا سبيل للخلافات الأيدلوجية في مثل هذه اللحظات التاريخية الفارقة في مستقبل الوطن، وان نجاح الثورة وأهدافها بات هو الهدف الأول والوحيد في هذه المعركة للعبور بالبلاد إلى بر الأمان، داعين القوي الثورية وجماعة الإخوان المسلمين إلي تحمل مسؤولياتهم المصيرية في هذه اللحظة الفارقة. وبناءا عليه وبرغم التزام مجلس أمناء الثورة بالوقوف بحياد تام في مرحلة الإنتخابات الأولي إلا أن المجلس يدعو كل القوى الثورية والوطنية إلى الوقوف صفا واحدا خلف المرشح الرئاسي محمد مرسي وتجاوز الخلافات الفكرية والسياسية مع جماعة الإخوان المسلمين، فإن كان هناك خلافا من أي نوع مع المرشح الإسلامي إلا أنه لا يرقى بأي حال من الاحوال إلي تعرض مكاسب الثورة المصرية للخطر، أما بالنسبة للمرشح أحمد شفيق فلا توجد أرضية من أي نوع يمكن الوصول إليها معه، كما أنه يمثل بشكل قاطع النظام السابق بكل جرائمه. ويدعو المجلس جماعة الإخوان المسلمين وحزب الحرية والعدالة إلى تقدير الموقف السياسي بدقة، وطمئنة القوى الثورية والسياسية بشكل عملي وبعدم الانفراد بالسلطة وتقديم مشروعا أو خريطة للحياة السياسية في المرحلة القادمة، وتطمين الأقباط على حقوقهم الدستورية، مع تقديم تنازلات بشأن الخلافات السياسية الرئيسية المطروحة علي الساحة ومنها تشكيل وعمل الجمعية التأسيسة لصياغة الدستور. واعلن مجلس أمناء الثورة أنه في إطار قراءته الوطنية للوضع الراهن فإنه قرر مساندة الدكتور محمد مرسي في المرحلة الثانية من الانتخابات الرئاسية، في مواجهة شفيق