أدان اتحاد شباب الثورة بشدة استمرار المحاكمات العسكرية ضد المدنيين وما وصفه ب "التربص" بشباب الثورة والنشطاء السياسيين والإصرار على محاكمتهم أمام المحاكم العسكرية رغم إعلان المجلس الأعلى للقوات المسلحة عن وقف المحاكمات العسكرية تمامًا ضد المدنيين.
ورأى بيان للاتحاد كما نشرت بوابة الاهرام ، أن إصرار المجلس العسكرى، علي الاستمرار في مسلسل محاكمة المدنيين عسكريًا والذى أدى إلى دخول الكثيرين من المواطنين الشرفاء وشباب الثورة إلى السجون ظلما، رغم تعهد المجلس بوقف المحاكمات العسكرية للمدنيين، وهو ما اعتبره البيان استمرارًا لوعود المجلس "الواهية" التى أطلقها منذ توليه مقاليد السلطة يوم 11 فبراير الماضى "ولم ينفذ أيًا منها حتى الآن، مما يجعلنا نفقد الثقة فى المجلس العسكرى ووعوده".
وفى السياق نفسه، طالب الاتحاد بتولى المجلس الأعلى للقضاء التحقيق فى أحداث ماسبيرو كجهة محايدة، بالنظر إلى أن المجلس العسكرى يعد طرفًا فى الأحداث.