بعد الإطاحة بالرئيس الأسبق التابع لجماعة الإخوان المسلمين محمد مرسي من الحكم وتولي الرئيس عبدالفتاح السيسي مقاليد الرئاسة المصرية، بدأت قطر أن تنحاز لجماعة الإخوان على حساب تأيد الشعب للرئيس السيسي واتخذت مجموعة من الخطوات التي تستهدف التلاعب والتدخل في القضايا المُتعلقة بالأمن القومي المصري. بث الأخبار الكاذبة في 25 ديسمبر 2016، أمرت نيابة أمن الدولة العليا بحبس محمود حسين جمعة "مدير المراسلين بالمقر الرئيسي لقناة الجزيرة بالدوحة" لاتهامه ببث وإشاعة أخبار وبيانات كاذبة تستهدف إثارة الفتن والتحريض ضد مؤسسات الدولة. ومن اعترافات المُتهم تبين لوزارة الداخلية، أن مسئولي قناة الجزيرة القطريةبالدوحة تكلف بعض العناصر المتعاونة مع القناة داخل مصر للاستمرار في تنفيذ مخططها الإعلامي الهادف إلى إثارة الفتن وإشاعة حالة من الفوضى من خلال بث الأخبار الكاذبة وإعداد التقارير الإعلامية والمقالات والأفلام الوثائقية المفبركة. تمويل سد النهضة الأثيوبي وعلى الرغم من الخلافات بين مصر وأثيوبيا حول قضية سد النهضة، أكد جمادا سوتي المُتحدث باسم جبهة تحرير الأورومو الإثيوبية، أن قطر تمول مشروع سد النهضة الإثيوبي من خلال مشروع استثماري وزراعي ضخم هناك لزراعة مليون ومائتي ألف فدان في منطقة السد، مشيرًا إلى أن قطر سددت الدفعة الأولى من المشروع وهو ما أسهم في زيادة وتيرة إنشاء السد بالإضافة إلى مشاريع أخرى كتطوير السكك الحديدية. كما أشار هاني رسلان رئيس وحدة السودان بمركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية، إلى أن قطر عرضت تمويل السد ب5 مليارات دولار، بالإضافة إلى الاتفاق على صفقات عسكرية تشمل مضادات للصواريخ لحماية السد. السودانيون حكموا مصر وفي الشهور القليلة الماضية، قامت الشيخة موزة زوجة أمير قطر السابق بزيارة الخرطوم والتي التقت خلالها الرئيس السوداني عمر البشير وقامت بحملة ترويجية للسياحة السودانية، وبعدها بدأ وزير الإعلام والمتحدث باسم الحكومة السودانية أحمد بلال عثمان بنشر العديد من التصريحات الغير مُبررة عن مصر والتي زعم من خلالها أن السودانيين حكموا مصر قائلا: "لا يعلم الكثيرون أن فرعون موسى كان أحد الفراعنة السودانيين الذين حكموا مصر"، مستندا إلى قول الله تعالى "وَنَادَى فِرْعَوْنُ فِى قَوْمِهِ قَالَ يَا قَوْم أَلَيْسَ لِى مُلْكُ مِصْرَ وَهَذِهِ الْأَنْهَارُ تَجْرِى مِنْ تَحْتِى أَفَلَا تُبْصِرُونَ"، وذلك فى تزييف متعمد للحقائق وتاريخ وحضارة مصر القديمة الممتد لآلاف السنين. توبيخ السياحة المصرية وأشار إلى أن بلاده ستقوم بتوضيح للعالم أن الأهرامات السودانية أقدم من المصرية، قائلًا: "أهرامات البجراوية أقدم من الأهرامات المصرية بألفي عام، وهو ما سنعمل على توضيحه للعالم". حلايب وشلاتين وبعد انتهاء زيارة موزة للسودان، قالت وزارة الخارجية السودانية إنها دعت الجهات ذات الصلة بالنزاع مع مصر حول مثلث حلايب الحدودي لوضع خارطة طريق إنهاء الوجود المصري بالمنطقة. دعم الإخوان المسلمين كما ذكرت مجلة "فوربس" الأمريكية أن وزير الدفاع الأمريكي جيم ماتيس وجه تحذيرًا شديد اللهجة إلى أمير قطر تميم بن حمد آل ثاني خلال لقائهما السبت الماضي، وذلك بسبب دعم الدوحة لجماعة الإخوان المسلمين في جميع أنحاء العالم وخاصة بمصر، مُتوعدًا باتخاذ موقف قاس تجاه قطر لدعمها المفتوح لتلك الجماعة.