كانت الكنيسة الأوربية في عصور الظلام الغربي تحارب كل محاولة للوصول لحقيقة علمية؛ والهدف من ذلك هو إحكام سيطرتها على عقول الناس من أجل استمرار جلب المال وأخذ قرار الغفران والنجاة من عدمه؛ لذلك كانت تريد أن يعيش الناس في جهل وتخلف. وبالتالي حدثت معركة صفرية بين الدين والعلم في أوربا، وأدى ذلك إلى توقف حركة العلم في أواسط القرن السادس عشر الميلادي ولم يعد العلم إلى الحياة مرة أخرى إلا بعد الثورة على الكنيسة وبداية النهضة العلمية الأوربية. وقد سجلت كتب التاريخ روايات مؤلمة عن مصير عدد كبير من العلماء الذين وقعوا في أيدي الكنيسة الكاثوليكية. وهم الذين اكتشفوا بعض النظربات العلمية – نتيجة تأثر بعضهم بالمسلمين- والتي تختلف مع النظريات التي تتبناها الكنيسة وفق رؤيتها للكتاب المقدس. وأول مثال هو العالم الأوربي كوبرنيكس فقد اكتشف عام 1543م نظرية دوران الأرض وأنها تدور حول نفسها مرة كل 24 ساعة، فيحدث تبادل الليل والنهار، وتدور الأرض حول الشمس مرة كل عام، فيحدث تغير الفصول الأربعة، وأن الشمس هي مركز الكون وليس الأرض كما كان معتقدًا قبل ذلك. إلا أن هذه النظرية كان كارثة في أوربا في القرن السادس عشر الميلادي، وقد تعجبت الكنيسة لهذا الاكتشاف حين حاكمته بميزان الحقائق الإنجيلية، إذ وجدته يتناقض مع معتقداتهم. ولهذا حاربت الكنيسة كوبرنيكس، واتهمته بالكفر وطالبت بقتله، بل وأحرقت كتبه ومنعت تدريسها، ولم يكتشفوا صحة ما وصل إليه إلا بعد وفاته بسنوات. والمثال الثاني هو جاليليو والذي أيد كوبرنيكس، وقال إن الشمس هي مركز الكون، واكتشف أيضًا أن القمر ليس جسمًا مستويًّا، فأمر البابا بإحضاره بالقوة رغم شيخوخته، للتحقيق معه، وحكم عليه بالسجن في بيته إلى أن يموت.
