رصدت منظمة العدل والتنمية الحقوقية أزمة بين شركة السكر والصناعات التكاملية ووزارة التموين، وذلك بسبب مستحقات الشركة لدى وزارة التموين التى وصلت الي أكثر من 3مليار جنيه من قيمه استلام السكر. الأمر الذي ترتب عليه قيام رئيس شركة السكر والصناعات التكاملية بصرف مستحقات المزارعين والعاملين من مرتبات وغيرها من البنوك بدون أرصدة، مما أدى لرفض البنوك أن تعطي رئيس الشركة أي مبالغ أخري هذا الشهر ديسمبر 2015 لصرف مرتبات العاملين بالشركة وذلك لارتفاع مديونية الشركة لدى البنوك، مما دفع رئيس الشركة لزيارة بنك أبو ظبي والحصول على قرض بضمان شركة السكر لصرف مرتبات العاملين بالشركة التي تنتج أكثر من مليون و200 طن سكر. وأكد المتحدث الاعلامى للمنظمة "زيدان القنائى" أن هناك أزمة بين شركات السكر ووزارة التموين والبنوك بعد توقف رواتب أكثر من 25 الف عامل وموظف بالشركة إضافة لمزارعي قصب السكر من أسوان إلى المنيا والعاملين الموسميين، ممن ينتظرون قدوم موسم العصير والقيام بعمليات توريد المحصول للشركة، محذرا من تدمير صناعة السكر الاستيراتيجية، ووقف توريد المزارعين للمحصول لعام 2016.