اثار شركات الطيران الاوربية جدلا كبيرا حيث حذرت تلك الشركات مجددا من ان تطبيق هذا البرنامج على الشركات الغير الاوروبية. سوف ينبئ بخطورة اثارة حرب تجارية : يتم فرض برنامج الETS على كافة الرحلات التى تهبط او تقلع من مطارات دول الاتحاد الاوروبى . وقد اعرب الكثير من رؤساء مجالس ادارات شركات الطيران الاوروبية من خلال اتحاد شركات الطيران الاوروب ية (AEA) فى اثناء اجتماع جمعيتها العامة فى بروكسل عن قلقهم ازاء ردود افعال الدول الغير ا و روبيه والتى اغضبها فرض هذا البرنامج واعتبرته انتهاكا لسيادتها والذى قد يوثر على الموقف الاقتصادى المتردى فى اوروبا . كما صرح رئيس مجلس ادارة المجموعة الدولية لشركات الطيران انه قد تمت مناقشة قدرة شركات الطيران الاوروبية على تنشيط النمو الاقتصادى فى اوروبا ولكن العقوبات التى قد تتعرض لها نتيجة لتطبيق هذا البرنامج قد تعوق ذلك وقد طالب السيد رئيس مجلس ادارة المجموعة الدولية لشركات طيران الاتحاد الاوروبى باتخاذ الاجراءات اللازمة لنزع فتيل التوترات الدولية و التاكيد على ان منظمة الايكاو هى افضل المنظمات التى يمكنها التوصل الى اتفاق عالمى حول تجارة الانبعاثات . وصرح السيد / Peter Hartman رئيس مجلس ادارة شركة KLM انه من السهل على الدول الغير اوروبية والتى لاتوافق على برنامج ETS ان تقوم بفرض رسوم اضافية على شركات الطيران الاوروبية مثال ذلك انه من السهل على روسيا ان تزيد من تكاليف دخول مجالها الجوى مع استخدام هذه الرسوم لتعويض شركات الطيران الروسية عن الرسوم التى يتم دفعها لبرنامج ETS . وقد اضاف رئيس مجلس ادارة المجموعة الدولية لشركات الطيران ان بكين قد اعربت عن عدم رضائها عن تطبيق برنامج ETS بان قامت بالغاء شراء طائرات من شركة ايرباص الاوروبية اعتراضاعلى هذا الاجراء