قرر الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر الشريف، ندب الدكتور محيى الدين عفيفى، أمينًا عامًّا لمجمع البحوث الإسلامية. وكلَّف "الطيب" الأمين العام بإعداد خطة عاجلة للوعظ والإرشاد والانتشار الأوسع للقوافل الدعوية، بالتنسيق مع وزير الأوقاف، بما يُسهِم فى ضبط الخطاب الدعوى ومواجهة الأفكار المنحرفة والمتطرفة.
كما طالب الإمام الأكبر، "عفيفى، بمراجعة ملفَّات المبعوثين من الأزهر إلى الخارج ومتابعتهم، وإمدادهم بالخطط الدعويَّة والعلميَّة وفقَ منهج الأزهر الشريف.
كما كلَّفه بإعداد الكتب الثقافية والدينية التى تخاطب كل المستويات، وترسخ الثقافة الشرعية السليمة وتحافظ على المنهج الوسطى الذى تميز به الأزهر الشريف عبر تاريخه.