قالت وزارة الأوقاف: "لاشك أن اتحاد علماء المسلمين الذى يرأسه الشيخ "يوسف القرضاوى" قد خرج عن مساره العلمى الدعوى، وصار ذراعاً سياسياً للتنظيم الدولى للإخوان المسلمين ويبدو أنه كان قد أنشئ ضراراً للأزهر الشريف، ولكن هيهات هيهات" . و أضافت الوزارة في بيان لها، تصرف "القرضاوى" باعتباره إخوانياً ينتمى إلى هذا التنظيم الدولى، فأخذ يهاجم الأزهر ومؤسسته الوسطية العريقة تارة، ويحرض على ما يخل بأمن الوطن واستقراره تارة أخرى.
و تابعت: إذ نستنكر بقوة تجاوز الشيخ "القرضاوى" فى حق الوطن وحق الأزهر الشريف، نرى أن اتحاد علماء المسلمين الذى يرأسه "القرضاوى" قد خرج عن المسار الصحيح بما يضر بمصلحة الوطن، وينبغى حل فرعه فى القاهرة .