اتهم جهاز الأمن الوطني المصري بدو سيناء بأنهم يسعون لإعلان إمارة مستقلة عن مصر ، وذلك في اتهامات تشبه اتهامات جهاز امن الدولة للبدو في عهد النظام السابق. حيث حذر جهاز الأمن الوطني، الذي يعد امتدادا لجهاز امن الدولة السيء السمعة ، من سطوة بدو سيناء وتزايد نفوذ مشايخ القبائل، وبعض العناصر التي وصفها الجهاز بأنها "خارجة عن القانون" في مقابل انعدام التواجد الأمني في المنطقة، وانتشار السلاح بشكل يمثل خطرًا على سيادة الدولة والحكومة. و قد زعم التقرير الذي صدر بتاريخ 15 مارس الماضي ، أن بدو سيناء يسعون منذ فترة طويلة إلى إعلان شبه جزيرة سيناء ولاية منفصلة عن الدولة ، وأن هناك عناصر إجرامية قد شكلوا مليشيات مسلحة لمواجهة قوات الأمن لإضعاف تواجدها في المنطقة، ليسهل عليهم تهريب السلاح والمخدرات والاتجار فيهم، وكذلك تهريب السلع التموينية إلى قطاع غزة وغيرها من الممارسات الخارجة على القانون. وذكر التقرير أن الجهاز رصد تجمعات الميلشيات المسلحة وزعاماتها والعناصر الفارة من السجون والمفرج عنهم مؤخرًا، الذين انضموا لهذه الميليشات، وكذلك رصد السهول والكهوف الجبلية التي اتخذوها كمأوى لهم، طالبا مداهمة هذه الأوكار وتوقيف هؤلاء العناصر ومصادرة السلاح، وبسط سيطرة الدولة والحكومة على المنطقة من جديد. الجدير بالذكر أن جهاز الأمن الوطني هو امتداد لجهاز "أمن الدولة" المنحل ، الذي كان دائم الاتهام للبدو بالخيانة والعمالة والتعاون مع الأطراف الخارجية ، وكانت الأجهزة الأمنية وبتوجيهات من هذا الجهاز تقوم بمداهمة منازل البدو واقتحام بيوتهم واقتياد شبابهم واتهامهم بالانضمام لتنظيمات إرهابية وتنفيذ تفجيرات، وغير ذلك من الاتهامات التي لا دليل عليها، مما أثار غضب البدو تجاه الشرطة والنظام السابق، ولهذا فقد شاركوا في الثورة فور اندلاعها، وعلى الرغم من ذلك لا يزال ذلك الجهاز يتعامل معهم بنفس الطريقة، فيما يعتبره البعض محاولة لإثارة البدو تجاه التيار الإسلامي الذي يسعى لتشكيل حكومة قريبا.