حذرت حركة 6 إبريل المستقلة من إستمرار قيام مؤسسة الرئاسة والحكومة بإساءة إستخدام مجلس الشورى، لإصدار قوانين وتشريعات تخدم مصلحة جماعة الإخوان المسلمين، سواء فيما يتعلق بقوانين الإنتخابات والتظاهر والجمعيات الأهلية والصكوك. وأكدت الحركة فى بيان لها أن المجلس لم يكن من سلطاته عند اإنتخابه القيام بالتشريع، خاصة أن المجلس مطعون على شرعيته أمام المحكمة الدستورية العليا، كما أكدت الحركة دعمها لإستقلال مؤسسة الأزهر، برئاسة الإمام الأكبر "أحمد الطيب"، ومساندة الدور الذي تقوم به لخدمة الإسلام في كافة أرجاء العالم، رافضة التدخل بأي شكل في شئون القضاء، وجددت دعوتها لتعيين نائب عام مستقل من قبل المجلس الأعلى للقضاء، خاصة في أعقاب الحكم القضائي الأخير الصادر من محكمة إستئناف القاهرة.
وطالب "محمد موسى" المنسق العام للحركة، الرئيس "محمد مرسي" بإحترام إستقلالية المؤسسات الدينية في مصر، وعدم التدخل في شئونها وإحترام أحكام القضاء والقانون.
أما "طلال الشريف" عضو المكتب السياسي للحركة، فأكد على تمسك الحركة بحرية الرأي والتعبير، معتبرة هذه الحقوق من أهم مكتسبات ثورة 25يناير، كما أدانوا الهجمة، التي يتعرض لها صحفيون وإعلاميون من قبل مؤسسة الرئاسة وجماعة الإخوان، والتى وصلت لدرجة إصدار أوامر ضبط وإحضار بحقهم، وإحالة آخرين لنيابة أمن الدولة، وتهديد بعض القنوات رسميًا بالإغلاق، عقابا على خطهم التحريري، بزعم أنهم يقفون وراء التحريض على المظاهرات المعارضة للنظام.