أعلنت حركة 6 إبريل المستقلة دعمها لاستقلال مؤسسة الأزهر برئاسة الإمام الأكبر أحمد الطيب، ومساندة الدور الذى تقوم به لخدمة الإسلام فى كافة أرجاء العالم، رافضة التدخل بأى شكل فى شؤون القضاء، وجددت دعوتها لتعيين نائب عام مستقل من قبل المجلس الأعلى للقضاء، خاصة فى أعقاب الحكم القضائى الأخير الصادر من محكمة استئناف القاهرة. جاء ذلك خلال البيان الذى أصدرته الحركة صباح اليوم الخميس. وطالب محمد موسى، المنسق العام للحركة، الرئيس مرسى باحترام استقلالية المؤسسات الدينية فى مصر وعدم التدخل فى شئونها واحترام أحكام القضاء والقانون. كما شدد طلال الشريف، عضو المكتب السياسى بالحركة، على تمسكهم ومساندتهم الكاملة لحرية الرأى والتعبير، واعتبار هذه الحقوق من أهم مكتسبات ثورة 25يناير، مدينا الهجمة التى يتعرض لها الصحفيون والإعلاميون من قبل مؤسسة الرئاسة، بعد أن بلغت إلى درجة إصدار أوامر ضبط وإحضار بحقهم، وإحالة آخرين لنيابة أمن الدولة، وتهديد بعض القنوات رسميًا بالإغلاق، عقابا على خطهم التحريرى بزعم أنهم يقفون وراء التحريض على المظاهرات المعارضة للنظام. وحذرت الحركة، فى بيان لها، من استمرار قيام مؤسسة الرئاسة والحكومة بإساءة استخدام مجلس الشورى لإصدار قوانين وتشريعات تخدم مصلحة جماعة الإخوان، سواء فيما يتعلق بقوانين الانتخابات أو التظاهر أو الجمعيات الأهلية أو الصكوك، مع الوضع فى الاعتبار أن المجلس لم يكن من سلطاته عند انتخابه القيام بالتشريع، خاصة أن المجلس مطعون على شرعيته أمام المحكمة الدستورية العليا.