أقام خالد على المرشح السابق لرئاسة الجمهورية، دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الادارى، ضد كل من رئيس الجمهورية رئيس مجلس الدفاع الوطنى ورئيس المجلس الاعلى للقوات المسلحة، تطالب بوقف تنفيذ القرار رقم 348 لسنة 2012 الصادر من رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة، بشأن انعقاد مجلس الدفاع الوطنى بتشكيله الحالى، وبطلان القرارات الصادرة منه وبالتالى يترتب عليها بطلان هذا القرار. وأوضحت الدعوى رقم 49469 لسنة 66 قضائية، أن المجلس العسكرى قام بانتهاك صريح للنظام الديمقراطى الذى تسير عليه مصر، من إصداره للقرار رقم 348 لسنة 2012 بتاريخ 14 يونيو 2012 والخاص بتشكيل مجلس الدفاع الوطنى وسيادة الطابع العسكرى وهيمنتة على أغلبية أعضائه، وأن القرار الخاص بتشكيل مجلس الدفاع الوطنى قد جاء مخالفا للقانون ومفتقدا للشرعية المتعارف عليها.
وأشارت الدعوى الى أن القرار مشوب بعيب الانحراف وإساءة استخدام السلطه؛ حيث إن القرار صدر بتاريخ 14 يونيو 2012 أى قبل موعد تسليم السلطة، وادراة شئون الدوله للرئيس المدنى المنتخب، فإنه يكون الهدف من إصدار القرار هو هيمنة المؤسسة العسكرية على مقاليد الحكم، وانفرادها بإصدار قرارت باسم مجلس الدفاع الوطنى، مما يعد ذلك من قبيل إساءة استعمال السلطة.
وقالت الدعوى أن موعد إصدارهذا القرار يدل على هيمنة المؤسسة العسكرية على السلطة المدنية المنتخبة، وتقلدها مقاليد إصدار جميع القرارات الصادرة عن مجلس الدفاع الوطنى، كما أن القرار جاء مخالفا لمبدأ سيادة الدولة المدنية، من منظور المفاهيم الديمقراطية التى يقوم نظام الحكم عليها على ما تقضى به المواد 1و2و3و4 من الدستور.