أرجعت قيادات بالجماعة الإسلامية وحزب النور السلفي سبب غياب الرئيس محمد مرسي عن حضور جنازة شهداء الحدود إلى نصائح أمنية وتخوفات من تعرضه لاعتداء, واعتبرا أن الاعتداءات على بعض السياسيين وعلى رأسهم رئيس الوزراء تكفي للرد على المتسائلين عن سبب غياب الرئيس, فيما رفض قيادي بحزب الحرية والعدالة التعليق على الموضوع قائلا إن مؤسسة الرئاسة هي من يجب الرد على السؤال عن سبب غياب الرئيس,. وقال الدكتور محمد حسان حماد, المتحدث الإعلامي للجماعة الإسلامية, في تصريحات للبديل, أن الجماعة لديها معلومات عن أن "جهاز المخابرات العامة والحرس الجمهوري طالبوا الرئيس محمد مرسي بعدم التواجد والحضور في الجنازة, وأن الرئيس فضل عدم التواجد تفاديا لحدوث أي اشتباكات بين أنصار عكاشة وأبو حامد والحرس الجمهوري". واستنكر حسان تشديد وسائل الإعلام علي عدم حضور الرئيس للجنازة وتجاهلهم زيارته للمصابين في المستشفي العسكري وتفقده لموقع الاشتباكات, حيث قال "الجميع يتجاهل النظر بإيجابية للرئيس مرسي, فقد نسي الجميع أنه زار موقع الأحداث وسط جنود القوات المسلحة وتوجه لزيارة المصابين في المستشفي والإشادة بهم جميع وبموقفهم". من جانبه, قال الشيخ ياسين عبد الرحمن, القيادي بجماعة الدعوة السلفية وذارعها السياسي حزب النور, أن تغيب الرئيس مرسي عن حضور الجنازة والصلاة علي شهداء القوات المسلحة "ربما لظروف أمنية", مشيرا إلي أن المخابرات هي المسئولة عن تحركات الرئيس, وتعرض رئيس الوزراء الدكتور هشام قنديل لمحاولة اعتداء واخرين ربما كانت دليل. من جانبه, رفض الدكتور محمود حسن, القيادي بحزب الحرية والعدالة الذارع السياسي لجماعة الإخوان المسلمين, التعليق علي تغيب الرئيس محمد مرسي عن حضور الجنازة الشعبية والعسكرية, مكتفيا بقول "هذا الأمر متعلق بمؤسسة الرئاسة, فهي التي يجب عليها أن تعلن عن أسباب تغيب الرئيس عن الحضور وليس نحن". في السياق نفسه, قال عماد أبوغازي وزير الثقافة السابق والذي شارك في الجنازة اليوم, أن الوضع هناك "يبدو صعبا للغاية, بسبب وجود توترات ومشادات أدت إلي مشاجرات بين أطراف شاركت في الجنازة", مرجحا تغيب الرئيس "بأنه يوجد هجوم عنيف جدا من قبل بعض الشخصيات وجماهير غاضبة وكادت هذة الجماهير". وعلق عمار على حسن الباحث السياسى "للبديل" على عدم حضور الرئيس محمد مرسى جنازة شهداء رفح أن مرسى يبدو أنه خشى من هتافات مضادة هدد بها على مدار الأمس وقبل الأمس أو ربما لا يريد إحراج نفسه, مشيرا إلي أنه "من الممكن أن يكون هناك سبب أخر سوف يعلن عنه نتيجة أن الحرس الجمهوري قد توجه لمكان الجنازة ولم يأتى مرسي". وأضاف عمار أنه من الممكن أن يكون الرئيس مرسي قد تأخر "تحت هذه الشمس الحارقة ومن المفترض أن يتحملوا المسئولية إذ لم ينتظروه", مشددا علي أن "كل هذه المبررات المطروحة غير كافية وستضاف إلى سجل إخفاق مرسي لإدارة الأزمة لعدم حضور رئيس الجمهورية جنازة شهداء الحدود". فيما علق ضياء رشوان مدير مركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية "للبديل" أن من المتوقع وأعلن عنه أن الرئيس مرسى كان سيحضر الجنازة وكان غيابه مفاجأة للجميع وكان من الأفضل أن يعلن عن عدم حضوره من الأول حتى لا يوجه له النقد الدى يواجهه الأن عن عدم حضوره الجنازة. وقال رشوان أن غياب مرسى سوء تصرف وأن من يقدم النصيحة إلى مرسى كان عليه أن يلفت نظره إلى هذا مشيراً إلى أن الرئيس حاول تعويض الغياب بزيارة الجرحى ، وهو ما أعطى مزيداً من الغموض على موقف الرئيس خاصة وأنه كان موجداً فى مكان أخر وقت الجنازة, موضحا أنه "لو كان السبب أسباب أمنية هذا يعد إساءة لرئيس جمهورية منتخب لا يخشى أى بقعة فى الأرض". الجماعة الإسلامية: المخابرات والحرس الجمهوري نصحوا الرئيس بعدم الوجود.. وكتاب وسياسيون ينتقدون غيابه قيادي بالحرية والعدالة يرفض التعليق علي تغيب مرسي: مؤسسة الرئاسة هي التي يجب أن ترد علينا لماذا غاب الرئيس عن الجنازة؟ رشوان: غياب مرسي إساءة تصرف.. ولو كان السبب أسباب أمنية فهو إساءة للرئيس المنتخب