رغم تزايد الإنتاج السمكي من المزارع خلال الفترة الماضية فإن أسعاره مازالت مرتفعة، ووفقا لجهاز التعبئة العامة والإحصاء فإن إجمالى الإنتاج السمكي خلال عام 2016 بلغ 7.1 مليون طن، مقابل 5.1 مليون طن عام 2015، بنسبة زيادة قدرها 12.3%، واحتلت المزارع السمكية المرتبة الأولى من حيث الإنتاج، وبلغت نسبته 79.5% من إنتاج البلطي، وهو أحد الأنواع الشعبية التي يقبل عليها المواطن المصري. تزايد أسعار الأسماك جاء نتيجة ارتفاع سعر الدولار وتعويم الجنيه، الأمر الذي أدى إلى ارتفاع سعر العلف السمكي 3 أضعاف، ومع تطبيق برنامج الحكومة الخاص بالإصلاح الاقتصادي ورفع الدعم عن الوقود الذي فرضه صندوق النقد الدولي ارتفعت أسعار كافة مدخلات الإنتاج، فزاد سعر البلطي وباقي الأسماك المستزرعة وسجل بلطي المزارع في سوق العبور، اليوم، 21 جنيها للكيلو في حين أن سعره كان مستقرا عند 11 جنيها للكيلو قبل فرض شروط صندوق النقد، ومما ضخم من مشكلة ارتفاع أسعار مدخلات الإنتاج، أن سلالة البلطي المستزرعة في مصر ليست عالية الإنتاج أو سريعة النمو. وعلى الرغم من أن إنتاج البلطي المستزرع تعدى ال800 ألف طن في السنة، وهي كمية سمحت لمنتجيه بتصديرة لبعض الدول، ومنها السعودية ودول الخليج العربي، خاصة البلطي والبوري فإن قفزات أسعاره الجنونية دفعت الدولة إلى فرض رسوم تصدير تقدر ب12 ألف جنيه لكل طن سمك مصدر، مع إلغاء الرسوم الجمركية على السمك المستورد، للحد من التصدير وزيادرة الواردات منه في محاولة للسيطرة على أسعار الأسماك خاصة أنها تعد من البروتينات الحيوانية التي يستعاض بها عن اللحوم الحمراء التي فقدت الدولة السيطرة على أسعارها هي الأخرى. وتأتي محاولة منتجي أسماك المزارع تصدير الأسماك كخطوة لتعويض خسائرهم التي تكبدوها نتيجة ارتفاع مدخلات الإنتاج، وخلق استقرار نسبي لأسعار السمك في السوق، وجاءت الرسوم الحكومية لتعيق الصادرات، التي أعاقها أيضا حظر إقامة مشاريع الاستزراع السمكي في مياه النيل وقصرها فقط على مياه الصرف وذلك وفقا لقانون الري المصري رقم 124 لسنة 1983 في المادة رقم 48، الذي ينص على استخدام مياه الصرف الزراعي في تربية الأسماك بالمزارع، والذي طالبت وزارة الزراعة بتعديله مرارا وتكرارا، إلا أن وزارة الري رفضت ذلك، مما أدى إلى رفض دول الاتحاد الأوروبي السماح للأسماك المصرية بالدخول إلى أسواقها نتيجة ارتفاع نسبة الملوثات بها، إذ إن مياه الصرف لا تعني الصرف الزراعي فقط بل المختلطة بالصرف الصحي والصناعي أيضا، والمحملة بالأمراض والمبيدات الحشرية والأسمدة والمخصبات عالية السمية والرصاص والمعادن الثقيلة، والتي تستقر جميعها في أجسام الأسماك، وأصبحت بمثابة قنابل بيولوجية، وذلك بحكم القانون الذي يحظر إقامة المزارع السمكية على مياه الري الطبيعية، ويسمح بإقامتها على مياه الصرف دون النظر إلى معالجتها. إلى جانب القرارات والقوانين المسببة لسوء منظومة الاستزراع السمكي، فهناك العشوائية التي تشوب إدارة المزارع السمكية، كعدم حصولها على تراخيص، فضلا عن أن الأرض أحيانا تمسها بعض القرارات ومنها الأمر بإزالتها، وفرض رسوم على نقل الزريعة في بعض المحافظات المنتجة للسمك مثل كفر الشيخ، بالإضافة إلى نفوق بعض أسماك المزارع دون تحديد سبب رئيسي لذلك، وارتفاع تكلفة الإنتاج مقارنة بأسعار السمك دوليا فى بلاد مثل فيتنام والبرازيل والإكوادور أدت إلى ارتفاع أسعاره.