سادت حالة من الرفض داخل أروقة وزارة الآثار حول قرار المهندس شريف إسماعيل، رئيس مجلس الوزراء، بإنشاء هيئة عامة للمتحف المصري الكبير وأخرى للمتحف القومي للحضارة المصرية، على أن يكون لهما شخصيتهما الاعتبارية العامة، علي غرار مكتبة الإسكندرية نظرا لأهمية المتحفين باعتبارهما من أهم المشروعات القومية في الفترة الحالية، بالإضافة إلي أهميتهما كمراكز تنويرية وثقافية وحضارية عالمية متكاملة تقدم تجربة فريدة ورائدة للتعريف بحضارة وتراث مصر الثقافي والأثرين ورأى بعض المختصين أن القرار من شأنه تهميش لدور الوزارة. قرار مجلس الوزراء بخصوص المتحفين تضمن أن يكون لكل منهما مجلس أمناء يتم تشكيله بناء على قرار من مجلس الوزراء، يضم في عضويته مجموعة من الشخصيات العامة المصرية والعالمية من ذوي الخبرة، وتكون مهمة المجلس الأساسية وضع السياسات العامة للمتحفين بما يحقق الهدف المرجو منهما. ويختص مجلس الأمناء بالإشراف والرقابة على جميع الأنشطة التي يقوم بها المتحفان ووضع برامج العمل بهما، وكذلك إدارة أموالهما من خلال دراسة المنح والتبرعات والهبات والهدايا المقدمة لهما، سواء من داخل البلاد أو خارجها، في ضوء القوانين والقواعد المنظمة لذلك وبالتنسيق مع الجهات المختصة، كما يختص مجلس الأمناء بتعيين مدير لكل متحف ونائبين له، ويمثل المدير المتحف في جميع الأمور المتعلقة به وأمام القضاء. اعتبر بعض الأثريين القرار بمثابة نهاية لكيان وزارة الآثار بعد استقلالية المتحفين عنها، ما يقلل من حجم ودور الوزارة في إدارة المواقع الأثرية، مع الأخذ في الاعتبار، أن المتحفين هما أمل العاملين ب«الآثار» في تحسين الظروف المالية للوزارة، وخصوصا أنها تعتمد على التمويل الذاتي. قال أحمد شهاب، رئيس اتحاد آثار مصر ل«البديل»، إن هناك حالة رفض لقرار الحكومة بإنشاء هيئة عامة للمتحف المصري الكبير، مطالبا رئيس مجلس الوزراء، بتطبيق نصوص مواد الدستور، التي تلزم الدولة بحماية وصيانة الآثار المصرية بشكل عام، بكل ما تشمله من متاحف ومواقع أثرية هيئه مستقلة تابعة بشكل مباشر لمجلس الوزراء مع تخصيص ميزانية دعم مالي سيادي لها من موازنة الدولة وإلغاء التمويل الذاتي الذي أثر بالسلب على حماية التراث الأثري. وتساءل شهاب: إذا كانت الهيئة العامة للمتحف ستختص بوضع السياسات العامة له، وكذا الإشراف والرقابة على أنشطته ووضع برامج العمل وآليات تنفيذها، واعتماد الهيكل التنظيمي وإدارة أموال المتحف، فماذا ستفعل وزارة الآثار؟