أثارت المادة الثانية من مواد الإصدار بمشروع قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف جدلا خلال مناقشتها في اجتماع لجنة الشئون الدينية بمجلس النواب برئاسة د. أسامة العبد وبحضور د.محمد مختار جمعة وزير الأوقاف وجابر طايع رئيس القطاع الديني بالوزارة. واعترض طايع علي المادة التي تنص علي » في تطبيق أحكام هذا القانون تحل هيئة الأوقاف المصرية محل وزارة الأوقاف فيما لها من حقوق وما عليها من التزامات تتعلق بإدارة واستثمار الأموال التي تختص بها». وأكد أنها تنسف وزارة الأوقاف وبها فجاجة وإبعاد للوزارة، وطالب بتعديل المادة لتنص علي استخدام كلمة » تنوب» بدلا من »تحل». وأوضح وزير الأوقاف أن هذه المادة ليست مستحدثة، ومأخوذة نصا من المادة السابقة في القانون القديم، وكل ما حدث هو حذف منها المؤسسات التي حصلت علي أموالها، ليتفق معه الدكتور أسامة العبد. وأوضح أن هناك فرق في القانون بين الإنابة والحلول، وكلمة الانابة من شأنها تغيير معالم القانون تماما، وأنه معروف أن وزير الأوقاف هو ناظر الوقف. وأرجأت اللجنة حسم المادة الثانية، لحين نظر مواد القانون الأخري. وكانت اللجنة قد وافقت علي المادة الأولي من مواد الإصدار بمشروع القانون والتي تنص علي أن يعمل بأحكام هذا القانون بشأن إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية. كما وافقت علي المادة الثالثة بشأن إنشاء هيئة الأوقاف المصرية، وإلغاء قرار رئيس الجمهورية رقم 1141 لسنة 1972 بشأن تنظيم العمل بهيئة الأوقاف المصرية، كما يلغي كل حكم يخالف أحكام هذا القانون». وعدلت اللجنة المادة الرابعة من مواد الإصدار لتنص علي أن »يصدر وزير الأوقاف اللائحة التنفيذية للقانون المرافق خلال ستة أشهر من تاريخ نشره، ويستمر العمل باللوائح والقرارات السارية لحين صدور هذه اللائحة». أقرت اللجنة المادة الخامسة الخاصة بالنشر، ليصبح نصها بعد التعديل: »ينشر هذا القانون في الجريدة الرسمية، ويعمل به بعد ستة أشهر من تاريخ نشره». وأكد وزير الأوقاف أن الهدف من مشروع القانون تغيير قواعد الاستثمار وإنشاء الشركات ومن ثم إعطاء هيئة الأوقاف مساحة أوسع للعمل وإدارة أموالها واستثمارها، كما يهدف لتوسيع مدارك الهيئة وحل مشكلة الحجز الإداري التي عطلها الدستور قبل الماضي.. وأوضح أن صياغة القانون تم لصالح الوقف والمجتمع، قائلا: »أشهد الله أن القيادة السياسية أكثر غيرة منا علي مال الوقف ويدركون الأبعاد الشرعية للوقف».
