انتهاكات بالجملة ارتكبها أنصار الرئيس محمد مرسى وأعضاء جماعة الإخوان المسلمين وحزبهم الحرية والعدالة، بشكل خاص، وأنصار تيار الإسلام السياسى بشكل عام، لتمرير الاستفتاء على الدستور ب«نعم».حسب تقارير عدد من المنظمات الحقوقية وتصريحات مجموعة من الحقوقيين ممن راقبوا الاستفتاء فإن «المرحلة الأولى من الاستفتاء شهدت نفس التجاوزات والانتهاكات التى كان يرتكبها الحزب الوطنى المنحل ونظام مبارك الفاسد باستثناء تدخل رجال الداخلية»، وهو ما رصدته المنظمات بمنع مواطنين أقباط من التصويت وحالات تصويت جماعى وعدم وجود قضاة للإشراف على بعض اللجان بالإضافة إلى تسويد البطاقات. ربما لا توجد دلالة على الطعن فى شرعية الاستفتاء أكثر من ذلك الذى رصدته حملة «راقب يا مصرى» بقيام والد الشهيد جابر صلاح «جيكا» فى لجنة مدرسة «عابدين الثانوية بنات» للإدلاء بصوته ب«لا» فى إشارة إلى أن «الدستور مكتوب بأيدى قتلة ابنه».غرفة العمليات التى أقامها مركز «ابن خلدون» رصدت قيام مجموعة من مؤيدى التصويت ب«نعم» على الدستور بمنع عدد من الناخبين الأقباط من الإدلاء بأصواتهم فى لجنة رقم (23) فى مدرسة «ابن المزيد» بمدينة نصر، ورصدت غرفة العمليات بمحافظة أسيوط الاعتداء على فتاتين مسيحيتين ومنعهما من التصويت فى قرية موشى بمنطقة الأزهر.
كما رصدت غرفة عمليات «ابن خلدون» فى محافظة الشرقية قيام أحد المواطنين ويدعى أيمن عبد البديع أحمد رمضان، بتحرير محضر إدارى رقم (8578) أبو كبير لعام 2012 ضد المشرف على اللجنة الانتخابية رقم (27) بمدرسة الإعدادية بنين حيث تم التعرف على هوية رئيس اللجنة، واتضح أنه من جماعة الإخوان المسلمين وعندما طلب منه المواطن إبراز تحقيق الشخصية رفض وهدده بالحبس إذا لم يصمت.
الغرفة رصدت أيضا وجود عدد من أعضاء الإخوان بين الصفوف لتعطيل الناخبين فضلا عن شائعة أن «غدا (الأحد) يوم آخر للتصويت» فى لجنتى (67) و(68) بمدرسة «كفر الزيات» الإعدادية بنات بمحافظة الغربية. إلى جانب إغلاق اللجنة رقم (18) فى لجنة مدرسة «الإعداية بنين» بروض الفرج، عقب تلقى اللجنة العليا للانتخابات شكوى من رئيس اللجنة الفرعية بقيام الناخبين بسرقة أوراق الاقتراع.
أما استغلال الجهل فرصدته غرفة عمليات «ابن خلدون» فى دائرة الخليفة بمدرسة «السيدة عائشة» للتربية الفكرية لجنة (15)، عبر تحريض بعض الأميين وكبار السن على التصويت ب«نعم» وضم عدد من اللجان لعدم توافر عدد كاف من القضاة.
حملة «شركاء فى الوطن»، التابعة للجمعية المصرية لدعم التطور الديمقراطى رصدت وقوع عدد من الاشتباكات فى محافظة القاهرة فى قسم الدرب الأحمر فى مركز اقتراع المغربلين، وهى عبارة عن اشتباكات بالأيدى بين أعضاء من جماعة الإخوان المسلمين وأعضاء التيار الشعبى. كما رصدت الحملة فى محافظة الغربية قسم طنطا مركز اقتراع سيد يوسف، حدوث اشتباكات بين أنصار «الحرية والعدالة» وثوار حى السلخانة بطنطا استخدم فيها الأسلحة البيضاء بسبب قيام أعضاء «الحرية والعدالة» بالدعاية ب«نعم» أمام مركز الاقتراع. أما فى مركز بسيون بمدرسة التحرير لجنة رقم (6) فتم الاعتداء على مراقب الجمعية صبحى معروف بعد أن طلب أحد قيادات الأمن من المراقب ترك مقر الاقتراع رغم وجود أعضاء حزب النور داخله، وعندما اعترض المراقب على ذلك قامت قوات الأمن بطردهم جميعا خارج المركز مما أدى إلى غضب أعضاء حزب النور واعتدائهم عليه بالضرب. بينما حدثت نفس المشادات بين الإخوان والسلفيين والمعارضين للدستور خارج اللجنة، فى محافظة الدقهلية مركز السنبلاوين فى مدرسة «الشهيد طلبة» الابتدائية. بينما رصد مراقب حملة «راقب يا مصرى» وقوع مشادة بين الشيخ جمال صابر، مدير حملة «لازم حازم»، وعدد من المواطنين أمام لجنة مدرسة «التوفيقية» بشارع شبرا يدعون الناخبين إلى التصويت ب«نعم»، فضلا عن نشوب مشادات فى قرية كفر يعقوب، التابعة لكفر الزيات، بين شباب «الوفد» و«الحرية والعدالة»، بعد اكتشاف الوفديين عددا من أعضاء «الحرية والعدالة» موجودين داخل اللجان ويوجهون الناخبين ل«نعم». أما بخصوص الفرز فقد رصدت شبكة «مراقبون بلا حدود بمؤسسة عالم جديد للتنمية وحقوق الإنسان» فى تقريرها الختامى للمرحلة الأولى، إغلاق عدد من اللجان عملها فى السابعة مساء قبل الموعد بأربع ساعات لعدم وصول قرارات مد فترة التصويت، مما يدل على وجود ارتباك إدارى وسوء تنظيم وقصور فى إدارة اللجنة العليا للانتخابات لسير الاقتراع مما أدى إلى ضياع حقوق الناخبين فى التصويت، حسب البيان الصادر عن المنظمة. تقرير المنظمة أضاف أن بعض اللجان فى مصر الجديدة ومدينة نصر والمطرية وعين شمس أغلقت أبوابها عن التصويت رغم وجود ناخبين أمام اللجان بسبب إصرار المشرفين على اللجان بإنهاء مدة التصويت فى التاسعة مساء وحرمانهم من التصويت، موضحا أنه تم إجراء أعمال الفرز وإعلان بعض اللجان النتائج فى الساعة الثامنة إلا الربع مساء قبل أكثر من ثلاث ساعات من موعد إغلاق اللجان مما يشير إلى سوء التنظيم.