أصدر الدكتور كمال الجنزوري رئيس مجلس الوزراء قرارا بتعيين ا.د حسين محمد احمد عيسى نائبا لرئيس جامعة عين شمس لشئون التعليم والطلاب وذلك لمدة اربع سنوات ، وتعيين ا.د محمد الحسيني عبد الخالق الطوخي نائبا لرئيس جامعة عين شمس لشئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة لمدة اربع سنوات وكذلك تعيين ا.د على عبد العزيز على نائبا لرئيس جامعة عين شمس لشئون الدراسات العليا والبحوث لمدة اربع سنوات وذلك اعتبارا من يوم 17 يناير لعام 2012 . وأشارت الجامعة في بيان لها إلى أن اختيار النواب جاء عن طريق الانتخاب من خلال لجنة منتخبة من المجمع الانتخابي الذى انتخب رئيس جامعة عين شمس فى سابقة تحدث لاول مرة فى جامعة عين شمس والجامعات المصرية تاكيدا لقيم استقلالية الجامعة التى افرزتها واكدت عليها ثورة 25 يناير حيث تتميز هذه اللجنة بسرية اعضائها ضمانا للحيادية المطلوبة وعدم تاثر اي منهم باتجاهات خارجية. وأوضحت الجامعة أنه تقدم لشغل المناصب الثلاثة 29عضو تدريس من بينهم ،(15 ) لوظيفة شئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة ، و(13 )لشئون الدراسات العليا والبحوث وواحد فقط لشغل وظيفة نائب رئيس الجامعة لشئون التعليم والطلاب مشيرا إلى أن اللجنة اعتمدت في اختيارها علي مصفوفة معايير مكونة من 15 نقطة لاختيار المرشح المناسب في مقدمتها الخبرة الاكاديمية و الادارية وسابقة انتاج متميز فى مجال ترشحه ومدى الاسهام البحثى والاكاديمى الذى قدمه خلال فترة عمله السابقة وسيرته الذاتية. من جانبه أبدى الدكتور خالد سمير المتحدث باسم حركة استقلال جامعة عين شمس تحفظه على طريقة اختيار نواب رئيس الجامعة قائلا إنه لم يتم الإعلان بشكل موسع عن فتح باب الترشح داخل الجامعة عن طريق القسام العلمية وهو ما أدى إلى أن كثير مكن أعضاء التدريس لم يعلموا بفتح باب الترشح أساسا وظهر ذلك فى أن معظم المتقدمين لشغل المنصب من قيادات الكليات ومن بين المختارين للمنصب عميدا كليتين والثالث وكيلا لإحدى الكليات . وأوضح خالد إن ذلك أدى إلى عدم وجود منافسة حقيقية على منصب نائب رئيس الجامعة لشئون التعليم والطلاب أهم منصب جامعي بعد رئيس الجامعة ونتج عن ذلك تزكية المرشح الوحيد المتقدم للمنصب عميد كلية التجارة . من ناحية أخرى انتشرت انتقادات موجهة للدكتور علاء فايز رئيس جامعة عين شمس على بعض صفحات الفيس بوك المرتبطة بمجموعات أساتذة الجامعة حول اختيارات النواب الثلاثة وخاصة الدكتور حسين عيسى عميد كلية التجارة الذى كانت تربطه علاقات وثيقة بالحزب الوطني والأجهزة الأمنية وساهم في وأد النشاط الطلابى المعارض وإحالة طلاب الإخوان و6 إبريل للتحقيق وتوقيع عقوبة الفصل عليهم أكثر من مرة فى العامين الماضيين ،كما طالت الانتقادات تعيين الدكتور محمد الطوخي عميد كلية الهندسة الذى كان أحد الداعمين الرئيسيين لحملة انتخاب الدكتور علاء فايز رئيس للجامعة وتركزت الانتقادات حول الأثر العسكي لسرية الأعضاء الذين اختارهم رئيس الجامعة لمشاركته فى اختيار نوابه الثلاثة .