استعرض الباحث سمير أمغار،المتخصص فى شئون الحركات الإسلامية، بنية التنظيم الهرمي للجماعة في أوروبا حيث أن العمل الدعوي للإخوان المسلمين في أوروبا مكَّنهم من تأسيس خمسمئة مؤسسة في ثمانية وعشرين بلدا أوروبيّا، وذلك عن طريق "اتحاد المنظمات الإسلامية في أوروبا" الذي يقع مقره في بروكسل. وتوقف الباحث،بحسب ما ذكرت صحيفة العرب اللندنية، عند أبرز المنظمات والمؤسسات التي تشكل واجهات للجماعة، وتتفرع عنها عشرات الجمعيات، منها "الجماعة الإسلامية في ألمانيا(GID) ، التي تأسست عام 1958، الفرع الألماني للإخوان المسلمين في أوروبا الذي أسسه سعيد رمضان عام 1958، ويرأسه حاليّا الألماني المصري الأصل ابراهيم الزيات، الذي يرأس أيضا "المركز الإسلامي" بميونخ، وهو منسق أنشطة الندوة العالمية للشباب الإسلامي بأوروبا، كما أنه عضو بمجالس إدارات معظم الهيئات التابعة للإخوان المسلمين (مثل هيئة الإغاثة الإسلامية في برمنغهام ببريطانيا والمعهد الأوروبي للعلوم الإنسانية في بورغون بفرنسا). أما "رابطة مسلمي بلجيكا"(LMB) القناة التاريخية للحركة في بلجيكا، فهي مُمثلة جماعة الإخوان المسلمين هناك، وأسَّست الرابطة عام 1997، وتملك الهيئة عشرة مساجد ومقرات بعدة مدن منها بروكسل وأنڤير وغراند وڤرڤييه، ويديرها كريم شملال من مدينة أنڤير، وهو من أصل مغربي يعمل طبيبا في مجال علم الأحياء. وتمثل جماعة الإخوان المسلمين في هولندا، "رابطة المجتمع المسلم" التي أسسها في لاهاي يحيى بوياف المغربي الأصل عام 1996. وتضم الرابطة عدة منظمات منها على وجه الخصوص "مؤسسة اليوروب تراست نيديرلاند"(ETN) و"المعهد الهولندي للعلوم الإنسانية والإغاثة الإسلامية". أما "الرابطة الإسلامية في بريطانيا"(MAB) فهي مُمثلة الإخوان المسلمين هناك. وقد أنشأها كمال الهلباوي عام 1997، وقد ظل الهلباوي لوقت طويل ممثلا للإخوان المسلمين في أوروبا، قبل أن ينشق عن الجماعة، ثم تولى إدارة الرابطة الإسلامية في بريطانيا أنس التكريتي العراقي الأصل وأستاذ الترجمة بجامعة "ليدز″، وذلك حتى عام 2005. وقد تولى الإخوان المسلمون إدارة مسجد فينسبيري بارك تحت رعاية الحكومة البريطانية. ويعتبر"اتحاد الهيئات والجاليات الإسلامية في إيطاليا" (UCOII)أيضا الممثل الرسمي للإخوان المسلمين في إيطاليا، وقد تأسس عام 1990، ويديره محمد نور داشان السوري الأصل. ويضم الاتحاد ما يقرب من مئة وثلاثين جمعية، ويتحكم في ثمانين بالمئة تقريبا من المساجد في إيطاليا، كما يمتلك الاتحاد فرعا ثقافيّا وفرعا نسائيّا وآخر شبابيّا. وأضاف الباحث،أن التنظيم قرر منذ أعوام نقل مقرهم من بريطانيا إلى بروكسل بهدف التقرب من المؤسسات الأوروبية وتشكيل جماعات ضغط.