أعرب الأزهر الشريف، عن أسفه الشديد لحادث كنيسة القديسين بالإسكندرية، مؤكدًا رفضه التام لمثل هذه الحوادث؛ حيث أنها تستهدف ضرب الوحدة الوطنية التى تتميز بها مصر عبر السنين، فيما طالب السفير رفاعة الطهطاوي المتحدث باسم الأزهر الشريف، المسلمين والمسيحيين بالاحتكام إلى العقل والحفاظ على الهدوء وعدم الانسياق وراء الإستفزازات، كما طالب أيضًا رجال الإعلام بألا يجعلوا الحادث مادة للإثارة، ليتم محاصرة الجريمة فى نطاق ضيق، وكى لا تتسع أكثر من ذلك.. هذا، وقد تمكنت الأجهزة الأمنية بمديرية أمن الاسكندرية، من إعادة الهدوء إلى منطقة كنيسة القديسين التي قد شهدت حادث الانفجار المأسوي، وكانت المنطقة قد شهدت بعض الاحتكاكات والمناوشات بين قلة متطرفة من المسلمين والمسيحيين عقب وقوع الانفجار.