إستمراراً لمسلسل الأزمات التي تلاحق إنتخابات الكرسي "البابوي"، تشهد الكنيسة المرقسية بالإسكندرية حالة من الإنقسام، بسبب رفضها خوض الأساقفة والرهبان الإنتخابات على كرسى البطريرك القادم خلفاً لقداسة البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، وهو القرار الذى أيده المجمع المقدس ورفضه مجمع كهنة الإسكندرية. وقال القس إبرام إميل كاهن الكنيسة وعضو مجلس كهنة الإسكندرية، إنه تم الإتفاق على جمع توقيعات فى كنائس الإسكندرية لرفض ترشح أساقفة الإبراشيات بشكل عام، وأى من الأساقفة والرهبان ومن يثبت سعيه للمنصب البابوي، موضحاً بأن مجمع كهنة الإسكندرية وجموع الشعب القبطى السكندري يصرون علي إستبعاد الآباء المرشحين سواء كانوا أساقفة أو رهبان والذين سعوا للكرسى البابوى بطريقة أو بأخرى تأكيداً لما كان يفعله الآباء أمثالهم الأولون فى سعيهم الي شهوة السلطة والرئاسة. ورفض كريم كمال رئيس الإتحاد العام لأقباط من أجل الوطن، موقف الكنيسة المرقسية بالأسكندرية حول إنتخابات كرسي البابا الجديدي للأقباط، موضحاً بأن جمع توقيعات لرفض ترشيح الأساقفة والرهبان، مخالفة لقرار المجمع المقدس، واصفاً ما يحدث بأنه داخل الكنائس بأنه إنقلاب علي الشعب القبطى لوقف الإنتخابات الباباوية. ومن ناحيتة أصدر الإتحاد العام للأقباط، بياناً رفض خلاله موقف مجمع كهنة الإسكندرية، ووقف حملة جمع التوقيعات داخل الكنائس حول منع ترشيح أساقفة الإبراشيات على الكرسى البابوي، لمخالفتها لقرارات المجمع المقدس الصادرة وللائحة الانتخابات البطريرك المعمول بها وقانون الكنيسة.