أعلن أيمن الظواهري الرجل الثاني في تنظيم القاعدة أن ما حدث في مصر هو ثورة شعبية انتهت بانقلاب عسكري.. مضيفًا بأن المجلس العسكري المتولي إدارة البلاد ليس أهلا للثقة.. مشيرًا إلي أن المجلس العسكري الحاكم مسئول عن وضع مئات الآلاف من المصريين في السجون، وإبعاد مئات الآلاف خارج البلاد، بسبب إصدار المحاكم العسكرية الأحكام الظالمة ضدهم، مضيفًا بأنه قد آن الأوان للمبعدين أن يعودوا إلي بلادهم. وعلي خلفية الافراج عن معتقلي الجماعات الاسلامية، هنأ الظواهري المفرج عنهم في قضية اغتيال الرئيس السابق أنور السادات، وعبود، وطارق الزمر، وشقيقه محمد الظواهري.. مطالبًا إياهم بتنظيم حملة دعوية تحريضية لحشد الأمة حتى تصبح الشريعة الإسلامية حاكمة. وفي تناقض غريب طالب الظواهري المفرج عنهم بألا ينسوا إخوانهم في السجون المصرية، كما طلب من المجلس العسكري السعي للإفراج عن الشيخ عمر عبدالرحمن المسجون في أمريكا بسبب التخطيط لأعمال إرهابية.